Между тем в начале мая 1962 года в Москву был вызван советник советского посольства в Гаване, а по факту кадровый чекист и резидент советской разведки Александр Иванович Алексеев, который был сразу принят самим Н. С. Хрущевым, от которого узнал о своем назначении новым советским послом на Кубу. Дело в том, что первый советский посол С. М. Кудрявцев, в отличие от А. И. Алексеева, так и не смог установить доверительных личных отношений с кубинским руководством, что, по мнению Москвы, было большим минусом в деле реализации задуманного плана. Именно поэтому, напутствуя нового посла, Н. С. Хрущев дословно заявил ему следующее: «ваше назначение связано с тем, что мы приняли решение разместить на Кубе ракеты с ядерными боеголовками», так как «только это может оградить Кубу от прямого американского вторжения»[609]. Через пару дней он вновь был вызван в Кремль, где прошла еще одна конфиденциальная встреча, но теперь уже с участием Н. С. Хрущева, А. И. Микояна, Ф. Р. Козлова, Ш. Р. Рашидова, А. А. Громыко, Р. Я. Малиновского и С. С. Бирюзова. Теперь же в ходе нового приватного разговора были согласованы все детали операции, и, вопреки устоявшемуся мнению о некой «фронде» А. И. Микояна, никто реально не высказался против установки ракетных комплексов с ядерными боеголовками. Правда, А. А. Громыко и А. И. Алексеев все же высказали робкие сомнения относительно того, что их удастся разместить скрытно, но на этот веский довод уже никто внимания не обратил. Лишь после этого решения Н. С. Хрущев по приглашению Первого секретаря ЦК Компартии Болгарии Тодора Живкова и вылетел с официальным визитом в Софию. Как позднее вспоминал сам А. И. Алексеев, несмотря на его первоначальный скептицизм, «Фидель, к удивлению, спокойно воспринял советские соображения» и после небольшого раздумья заявил новому советскому послу, что «это очень смелый шаг, и, чтобы сделать его, мне необходимо посоветоваться со своими ближайшими соратниками. Но если принятие такого решения необходимо социалистическому лагерю, я думаю, мы дадим свое согласие на размещение советских ракет на нашем острове».

Судя по документам, окончательное решение по Кубе было принято 24 мая 1962 года на совместном заседании Президиума ЦК и Совета Обороны СССР[610]. А уже 28 мая для согласования всех вопросов с кубинским руководством в Гавану вылетела представительная делегация в составе кандидата в члены Президиума ЦК, Первого секретаря ЦК Компартии Узбекистана Шарафа Рашидовича Рашидова, назначенного в целях конспирации главой этой делегации, зам. министра обороны, главкома РВСН маршала Советского Союза Сергея Семеновича Бирюзова, зам. начальника Главного штаба ВВС генерал-лейтенанта С. Ф. Ушакова и сотрудника Главного Оперативного управления Генштаба генерал-майора П. А. Агеева, которые для сокрытия истинных целей визита тоже летели под вымышленными фамилиями. Вместе с ними на Кубу вылетел и новый советский посол А. И. Алексеев. Несмотря на изначальный скепсис по поводу позиции кубинского руководства, которое вначале было явно озадачено советским предложением, после многочасовой личной встречи с Фиделем и Раулем Кастро, а затем и с Че Геварой и детальных разъяснений со стороны Ш. Р. Рашидова было получено полное согласие на размещение советских баллистических ракет и принято решение, что для уточнения конкретных деталей предстоящей операции в Москву вылетит министр Революционных вооруженных сил Рауль Кастро.