1 апреля 1922 г. было утверждено новое Положение о Комитете Северного морского пути при Сибирском революционном комитете. Исходя из этого положения полномочия КСМП резко сокращались. Согласно п. 2 Комитет возглавлялся персонально председателем Сибревкома и состоял из представителей Сибдальвнешторга, Сибпромбюро ВСНХ, Сибопса, Сибгосплана и Сибцентросоюза, а также из специалистов и практиков, персонально утверждаемых Сибревкомом. Согласно п.4. отделами Комитета являлись: 1) научный, 2) портостроительный, 3) гидрографический, 4) общий и 5) по наблюдению за товарообменными операциями244. То есть, по сути, за КСМП оставлялись только функции наблюдения, научно-оперативного обеспечения и портостроительства.
Сотрудники комитета достаточно жестко отреагировали на такие решения. В докладе на имя председателя Сибревкома Чуцкаева и наркома Красина отмечалось: «За последнее время Советом Труда и Обороны создан новый орган, отчасти параллельный КСМП в области транспортно-экспедиционных его функций <…> Этим новым органом – Осупсто в настоящее время в Сибревкоме выдвинут в кампанию 1922 г. <…> план в более широком и нереальном размере <…> Этот план „Комсеверпути“ признает совершенно нежизненным, так как он построен на неправильных допущениях <…> На основании всего вышеизложенного КСМП слагает с себя полномочия по проведению возложенных на него Сибревкомом 20 апреля 1920 г. заданий по оборудованию и превращению Северного морского пути в артерию связи Европы с Сибирью и по производству товарообмена с заграницей. Председатель комитета Кудряев, заместитель Шольц, Управляющий общим отделом Бейлин»245.
: «За последнее время Советом Труда и Обороны создан новый орган, отчасти параллельный КСМП в области транспортно-экспедиционных его функций <…> Этим новым органом – Осупсто в настоящее время в Сибревкоме выдвинут в кампанию 1922 г. <…> план в более широком и нереальном размере <…> Этот план „Комсеверпути“ признает совершенно нежизненным, так как он построен на неправильных допущениях <…> На основании всего вышеизложенного КСМП слагает с себя полномочия по проведению возложенных на него Сибревкомом 20 апреля 1920 г. заданий по оборудованию и превращению Северного морского пути в артерию связи Европы с Сибирью и по производству товарообмена с заграницей. Председатель комитета Кудряев, заместитель Шольц, Управляющий общим отделом Бейлин»
После нескольких совещаний СТО принял компромиссные полумеры. 3 мая должность особоуполномоченного по Северному морскому пути была упразднена246. Опасаясь срыва Карской экспедиции, для решения вопроса организации в Сибирь был срочно направлен Ф. Э. Дзержинский в качестве уполномоченного ВЦИК и СТО. Руководство было формально возвращено КСМП, но время уже было потеряно. Все эти действия нарушили принцип единства руководства экспедицией. В результате речная часть экспедиции была организована крайне неэффективно и в полной неразберихе.