10 января 1981 г. вооруженные отряды ФНОФМ предприняли общее наступление против правительственных войск в ряде районов страны. После упорных боев наступление было отбито, но оно положило начало затяжной и ожесточенной гражданской войне, в ходе которой силы ФНОФМ крепли, росла их численность, расширялись контролируемые ими зоны, влияние среди населения. Повстанцы сочетали действия регулярных частей, подвижных партизанских соединений и групп, а также отрядов народной милиции из гражданского населения. Военные действия дополнялись работой активистов фронта в массовых народных организациях.

В отличие от Никарагуа конца 70-х годов сальвадорским революционерам не удалось изолировать правые силы. Здесь активнее проявили себя на политической арене реформистские круги. Они, правда, не смогли обеспечить успех реформистского проекта и предотвратить раскол общества и гражданскую войну. Но их действия способствовали тому, что революционерам противостоял блок правых и умеренно-реформистских сил, привлекший на свою сторону часть колеблющихся, промежуточных слоев населения. Это предопределило глубокий раскол общества и затяжной и ожесточенный характер гражданской войны. Кроме того, начало войны в Сальвадоре совпало с приходом к власти в Вашингтоне правительства Рейгана, предоставившего широкую военную и экономическую помощь сальвадорскому правительству, что особенно осложнило борьбу сальвадорских революционеров. В 1980 г. помощь США сальвадорскому правительству составляла 65 млн. долл., в 1981 г.–140 млн., в 1986 г.– более полумиллиарда, всего же за 1981–1988 гг.–3,5 млрд. долл. В Сальвадор были направлены американские военные советники и инструкторы, поступило большое количество современного вооружения. Численность сальвадорской армии увеличилась с 15 тыс. человек в 1981 г. до 56 тыс. в 1985 г. Этим силам противостояли 7 тыс. бойцов регулярных соединений ФНОФМ. Кроме того, в подпольных и партизанских группах и организациях ФНОФМ среди гражданского населения насчитывалось до 40 тыс. человек. Помощь США позволила сальвадорскому режиму выстоять, но обе стороны оказались не в состоянии одержать военную победу друг над другом.

Были предприняты попытки укрепить престиж сальвадорского режима приданием ему облика представительной демократии. В марте 1982 г. состоялись всеобщие выборы, после которых военно-гражданская хунта была заменена конституционным коалиционным правительством, в котором преобладание получили правые партии» После выборов 1984 г. к власти уже в качестве избранного президента вернулся лидер центристской ХДП Н. Дуарте (1984– 1989), получивший в первом туре более 43% голосов, а во втором туре–54%. Н. Дуарте вновь попытался продолжить реформы. Но в условиях гражданской войны эти попытки не очень удавались, армия сохраняла роль решающего фактора власти, продолжался террор «эскадронов смерти», усилились правонационалистические партии. Гражданская война в Сальвадоре затянулась на долгие годы, принеся большие беды и лишения стране и населению. 75 тыс. человек погибли, около миллиона эмигрировали, сотни тысяч бежали из зон боевых действий.