Флетчер формально оставался губернатором Пенсильвании до конца марта 1695 г., но делами Пенсильвании больше не занимался. Маркхэм и Совет собирались сравнительно регулярно, но занимались лишь мелочами. У рядовых жителей колонии забот хватало и без политики. В 1694 г. был неурожай, что привело к голоду и забою скота, который было нечем кормить650. Даже летом 1695 г. последствия этого ещё ощущались.

А тем временем в Англии произошло значимое для Пенсильвании событие: 09.08.1694 король Вильгельм III формально восстановил Пенна в правах владельца колонии.

24.11.1694 Пенн в качестве собственника и губернатора Пенсильвании письмом, адресованным Провинциальному совету, назначил на должность заместителя губернатора Уильяма Маркхэма651. Как мы помним, Маркхэм и при режиме прямого королевского правления, при губернаторе Бенджамине Флетчере, занимал эту же самую должность. Поэтому он в качестве действующего главы исполнительной власти, получив соответствующий документ, просто объявил 26.03.1695 в Филадельфии, что отныне будет управлять колонией от имени Уильяма Пенна.

Инструкция, присланная Пенном, обязала Маркхэма при назначении на должности консультироваться со своими двумя заместителями: Джоном Гудсоном и Сэмюэлом Карпентером, которых Пенн назначил в тот же день (24.11.1694). На любое действие губернатора требовалось согласие обоих его заместителей. Как складывались между ними отношения, сведений мало, но 26 мая 1696 г. Маркхэм жаловался в письме Б. Флетчеру, что заместители запретили ему созывать «такую же Ассамблею», как в соседних колониях.

Его правление оказалось самым продолжительным за первые 20 лет истории колонии. Он управлял на основании двух разных документов о полномочиях, при двух конституциях, а некоторое время в 1696 г. и вовсе без конституции.

Э. Броннер выделяет в его правлении три этапа: 1) март 1695 – сентябрь 1696 г., до второго созыва Генеральной ассамблеи – никаких важных событий; 2) сентябрь 1696 – весна 1697 г. – резкий рост политической активности пенсильванцев: принятие новой конституции, введение новых налогов на нужды короны, дискуссии между двумя квакерскими фракциями (уже не религиозными, а вполне политическими); 3) заключительный: весна 1697 – 02.12.1699, когда Пенн прибыл в колонию.

Уильям Маркхэм был англиканин, но «по жизни» так тесно связан с квакерами, что англикане на его помощь в делах церковных не рассчитывали. Они связывали свои надежды с Фрэнсисом Никольсоном – губернатором Мэриленда, наиболее стойким защитником интересов Англиканской церкви в Америке652. В 1695 г. англикане создали первую конгрегацию в Пенсильвании; туда был направлен священник Т. Клейтон; эта конгрегация впоследствии построила церковь, названную «Christ Church», и стала называться по её приходу – Крайст-Чёрч. Ещё Карл II гарантировал любым 20 англиканам, если они потребуют, служителя (a minister). Флетчер ходатайствовал за них, епископ Лондона согласился принять их под свою каноническую юрисдикцию, а английское правительство согласилось выделять им по 80 ф. ст. в год на нужды религиозного образования и прочие653.