Король Испании убедил папский престол передать Орден Христа под «вечное управление» королю Португалии и его преемникам. Дом Мануэл (Иммануил) I был окончательно признан Великим Магистром Ордена Христа буллой папы римского Льва X «Constante fide» от 30 июля 1516 г. Однако его сын, король Жуан III, не получил эту должность автоматически, «по наследству», а был утвержден в качестве управляющего согласно бреве (кратким посланием) папы римского Адриана VI «Eximiae devotionis» от 14 апреля 1523 г. И лишь в 1551 г., после смерти принца Жоржи (Георгия), герцога Коимбры, внебрачного сына короля Жуана III, Магистра португальских рыцарских Орденов Сан Бенто ди Авис и Святого Иакова, папа Юлиан III, в правление короля Португалии Жуана III, уступил навечно титул Великого Магистра всех рыцарских Орденов Португалии, включая Орден Христа, португальскому монарху. В результате объединения титула короля Португалии с должностью Великого Магистра Ордена Христа произошло преображение этого Ордена из магистерского (духовно-рыцарского) в коронный (династический). Некоторые историки считают, что именно это обстоятельство, фактически, привело к разделению Ордена Христа на 2 ветви Воинства Господа нашего Иисуса Христа, папскую и португальскую, имеющие очень разные возможности и обязанности.

После того, как Орден Христа разделился на 2 ветви — португальскую и чисто папскую, португальская ветвь постепенно утратила характер духовного (монашеского) Ордена и стала династическим орденом португальской короны. Дело в том, что Орден Христа, сыгравший в свое время столь заметную роль в военных успехах португальских королей в борьбе с пиренейскими «маврами» и заморскими мусульманами, со временем настолько усилился, что королевская власть была вынуждена принять меры к ограничению его самостоятельности и к началу XVI века добилась подчинения Ордена непосредственно королю. После этого папа римский Александр VI Борджа освободил рыцарей Христа от монашеских обетов нестяжания (бедности) и целомудрия (безбрачия), чем и подготовил окончательную секуляризацию Ордена Христа (то есть превращение последнего в чисто светское учреждение), состоявшуюся в 1789 г., и конфискацию его владений в пользу государства, последовавшую в 1834 г.

В период подчинения Португалии испанской короне (1581–1610) правила приёма в Орден Христа (которому оказывал особое покровительство король Испании Филипп II Габсбург) были значительно упрощены. В него мог вступить любой дворянин (по-испански: «идальго», по-португальски: «фидалгу»), отбывший в течение 2 лет военную службу в Африке или прослуживший 3 года на флоте.