Наряду с Алькантарой, Орден имел и вторую штаб-квартиру — «энкомьенду», или командорство (позднее — приорство) Магазелья.

Знаком принадлежности к Ордену Алькантары являлся ажурный «процветший» крест, подобный кресту Ордена Калатравы, только не красного, а зеленого цвета (первоначально на белом поле, а впоследствии — на черном).

Боевое знамя Ордена Алькантары представляло собой прямоугольное, с 2 косицами, полотнище белого цвета с зеленым лилиевидным («процветшим») крестом у древка.

Во главе Ордена Алькантары стоял Магистр (Маэстре или Местре). Его заместителем был Великий Приор (Приор Майор). Кроме них, в руководство Ордена входили:

1) Великий Командор (Коммендадор Майор);

2) Кастеллан, Ключарь или Ключник (Клаверо), помощником которого был Подключник (Суб-Клаверо);

3) Интендант (Обреро) и

4) Хоругвеносец, или Знаменосец (Альферес).

Требования, предъявлявшиеся к кандидатам на вступление в Орден Алькантары, были строже, чем к кандидатам на вступление в другие духовно-рыцарские Ордена (например — Калатравы или Сантьяго). Кандидаты должны были иметь, как по отцовской, так и по материнской линии, как минимум, 2 поколения предков не только рыцарского звания, но и обладающих земельными владениями.

К 1234 г. в составе Ордена Алькантары насчитывалось 600 «братьев-рыцарей» и 2000 «услужающих братьев» («сервиентов») — главным образом, пеших ратников. Кроме «братьев-рыцарей» (исп.: «фрейлес кабальерос») и «братьев-сервиентов» (исп.: «фрейлес сархентос»), в составе Ордена имелись также «братья-священники», или клирики (исп.: «фрейлес клеригос»).

В 1472 г. Магистр Ордена Алькантары, по свидетельству хронистовсовременников, мог вывести в поле не менее 1500 конных и 2500 пеших воинов. Численность «орденских братьев» (причем не только в Ордене Алькантары, но и в других иберийских военно-монашеских Орденах) всегда была относительно небольшой. Большинство полевых армий Орденов состояло из их ленников-вассалов и наемных воинов. «Орденские братья» часто выступали в роли офицеров — командиров отрядов пеших копейщиков или арбалетчиков, или даже в роли командиров артиллерийских подразделений (у всех испанских и португальских духовно-рыцарских Орденов со временем появилась своя собственная крепостная, осадная и полевая артиллерия).

Одежда членов Ордена Алькантары была первоначально белого, впоследствии же — черного цвета. Ношение членами Ордена Сан-Хулиан и Алькантара на одежде упомянутого выше зеленого «процветшего» орденского креста с геральдическими лилиями на концах, лепестки которых были отогнуты назад к стеблю, как на кресте рыцарей Ордена Калатравы, засвидетельствовано хронистами не ранее 1397 г.