В сражениях с маврами новый Магистр Гонсало Нуньес показал себя искусным полководцем, однако на своем посту он не был склонен подчиняться королю. Когда король Альфонс призвал его ко двору, Нуньес отказался явиться по королевскому зову и начал усиленно укреплять орденские замки. Король попытался навязать Ордену Алькантары собственного кандидата в Магистры — Нуньо Камизио, — однако Нуньес продолжал пользоваться поддержкой большинства членов своего Ордена и, воодушевленный этой поддержкой, вступил в союз с королем Португалии. Дело дошло до вооруженного конфликта с королем Кастилии, объявившего Магистра Нуньеса государственным изменником. Рыцари Алькантары не осмелились открыто противиться королю и отказали своему Магистру в дальнейшей поддержке. В 1388 г. Нуньес закончил свою жизнь на плахе.

В середине XIV в. король Кастилии дон Педро Жестокий вступил в конфликт со своим сводным братом Генрихом (Энрике) Трастамарским. Эта распря разгорелась в годы англо-французской Столетней войны. Педро Жестокого поддержали англичане, Генриха Трастамарского — враги англичан, французы (об этом должны помнить все читатели одной из любимейших книг нашего детства — романа сэра Артура Конан-Дойля «Белый отряд»). Нуждаясь в поддержке духовно-рыцарских орденов, дон Педро добился смещения нескольких Магистров Алькантары, пока на должность Магистра не был в 1365 г. избран его казначей дон Мартин Лопес де Кордоба. В результате вторжения Генриха Трастамарского, при поддержке наемного французского войска во главе с коннетаблем Франции Бертраном дю Гекленом, в Кастилию, не только кастильская знать, но и духовнорыцарские Ордены (в том числе и Орден Альтантары) раскололись на две враждебные партии.

3 апреля 1367 г. при Нахере произошла битва между войском дона Педро Жестокого и его союзника, английского Черного Принца Эдуарда, с одной стороны, и войском дона Генриха Трастамарского и его французского союзника коннетабля Бертрана дю Геклена — с другой. В этой битве «братья» Ордена Алькантары сражались на обеих сторонах. Генрих Трастамарский потерпел поражение и бежал. Однако после отбытия Черного принца из Испании он вернулся, вместе с Бертраном дю Гекленом, в 1396 г. разбил и убил Педро Жестокого и короновался королем Кастилии под именем Генриха II.

В 1394 г. Магистр Ордена Алькантары Ханьес де Барбудо возглавил Крестовый поход на Гранаду — последний оплот владычества мусульман ни Иберийском полуострове. Коварным маврам удалось заманить войско Магистра в ловушку, окружить и уничтожить его. Это был тяжелейший удар по престижу Ордена Алькантары, вызвавший новые распри в его рядах (как и в рядах Орденов Калатравы и Сантьяго). В период с 1355 по 1371 гг. в этих трех Орденах сменилось 16 Магистров (и антимагистров), многие из которых пали на полях междоусобных сражений или погибли насильственной смертью.