В мае 1934 года отец Севастиан, обритый и остриженный, оказался в Карлаге. Сначала его били, говоря: «Отрекись от Бога». Он отвечал: «Никогда». Ставили раздетого на мороз — он молился и не замерзал. Отправили в барак к уголовникам: «Там тебя быстро перевоспитают». Но и те ничего не смогли сделать с болезненным иеромонахом, стоявшим за веру насмерть. Пришлось отступиться от него… Тяжелых работ отец Севастиан выполнять не мог. Поставили сторожем. Ночами он никогда не спал на дежурстве, молился или читал. И во время проверок спящим никогда не оказывался. Когда заключенных водили в кинотеатр (отказаться было нельзя), отец Севастиан ложился на пол под стулья и там молился. В последние годы он был расконвоирован и возил воду на быках для огородников. Сестрам Февронии и Варваре никакого срока не дали, а мать Агриппину угнали на Дальний Восток, но там через год освободили. Она списалась с батюшкой, и он благословил ее приехать; она прибыла в Караганду в 1936 году. В 1938 году прибыли также матушки Феврония и Варвара. Отец Севастиан благословил им купить саманный домик на Нижней улице Караганды. Отсюда они привозили батюшке в лагерь продукты и белье. Он благословил их приготовить священническое облачение, что они и сделали. Где-то — в храме — им давали запасные Святые Дары для него, и они привозили все это в лагерь, и там, в лесочке, отец Севастиан служил и причащал народ. Многие из заключенных и даже кое-кто из начальства приведены были им к Богу, к живой вере. Постепенно, уже здесь, в лагере, образовался у батюшки большой круг верных духовных чад.

29 апреля 1939 года он был освобожден (накануне праздника Вознесения Господня). Поселился с матушками в Михайловке (окраина Караганды), в крошечном домике. Ежедневно вычитывал суточный круг богослужения. В 1944 году был куплен дом побольше, где отец Севастиан устроил домовую церковь. Люди узнали о нем и стали приглашать на требы. Он не имел на то разрешения, но ходил, не отказывался никогда. Он молился и за всех, кто погиб в Караганде и зарыт был без христианского погребения. Караганда росла — строилось множество домов, заводов, тысячи и тысячи людей не имели духовного окормления. Батюшка благословил духовных чад хлопотать об открытии в Михайловке храма, добираться вплоть до Москвы. В 1946 году усердные хлопоты начались. И только в 1955-м получено было разрешение. Дом общими силами был переделан в храм. Снимались перегородки, делался иконостас. Местные власти запретили поднимать крышу. Тогда стали выбирать землю пола — вывезли ее пятьдесят кубометров, настлали пол. Создалось необходимое пространство. Во дворе поставили часовню. В это время приехали еще две близкие к Оптиной пустыни матушки — монахиня Агния и юродивая Анастасия (высокой духовной жизни инокиня). Мать Агния писала иконы. Нашелся человек из духовных чад, которого отец Севастиан стал готовить к рукоположению в священный сан. Это был Александр Павлович Кривоносов. Пришел в новый храм и священник Серафим Николаевич Труфанов. Рукоположен был в Алма-Ате церковный староста Павел Александрович Коваленко. Диакон отец Николай, посвященный целибатом, был также чадо отца Севастиана.