Глубоко убежденный, что светская независимость папского престола является необходимым условием свободы церкви, Иннокентий начал с того, что, упрочив свой авторитет в Риме, твердой рукой не только восстановил церковную область в прежнем объеме, но даже расширил ее, и это после того, как в XII веке экзархат и Пентаполь, под именем Романьи и Анконской марки, стали почти целиком имперскими землями. Префект города, до сего времени бывший представителем власти императора, и сенатор, правивший от имени народа, были вынуждены в это время подчиниться папе. Иннокентий возвратил церковной области не только Анконскую марку, но и захватил Сполеттское герцогство. Подтвержденные последующими императорами эти два владения с этого времени так и остались под папским владычеством. В то же время папа занялся делами нижней Италии. Он дает Констанции и ее сыну ленную грамоту на Королевство обеих Сицилий и регулирует церковные отношения. Затем после смерти императрицы он захватывает в свои руки регентство (1198 г.) над малолетним Фридрихом II. Наконец он вмешивается в борьбу за германский престол (1201 г.). После тщетной попытки примирить противников Иннокентий высказался за Оттона IV (1201 г.). Выбор не был удачен и не оправдал возлагаемых упований. Филипп не только продолжал держаться, но даже был близок к победе, когда пал от рук убийцы (1208 г.). Освободившись от соперника, гвельфский принц вскоре показал, что он был недостоин своего предпочтения перед потомком Штауфенов. Правда, весной 1209 г. после всеобщего признания своей короны в Германии он возобновил обещания, сделанные уже Иннокентию в отношении церкви, отказавшись от так наз. jus regalia, права извлечения доходов с церковных имуществ во время вакантности должностей, и Spolium (Spolienrecht), т. е. права наследования императором имущества умерших духовных лиц. Но лишь только его короновали, как Оттон забыл все свои обещания и под предлогом, что он должен охранять права империи, увеличил их на счет церкви, не обращая никакого внимания на все представления папы. Следствием этого явилось его отлучение в 1210 г. После этого Оттон был покинут многими князьями. Сражение при Бовинэ (1214 г.) окончательно поколебало его могущество и подготовило восшествие на престол Штауфена Фридриха II, сына Генриха VI.

В Англии в ту же эпоху совершались важные события. Поводом явились двойные выборы на Кентерберийскую кафедру (1205 г.). Когда король Иоанн Безземельный (1199–1216 гг.) отказался утвердить избранного с согласия папы англичанина Стефана Ленгтона, то на страну был наложен интердикт (1208 г.). Раздраженный этим, король предпринял ряд жестоких мер против церкви и духовенства, за что и подвергся сначала отлучению (1209 г.), а затем и низложению (1212 г.). Приведение в исполнение папского декрета было поручено Франции. Обе армии готовы были уже к выступлению, когда Иоанн, не уверенный в своем собственном народе, подчинился папе (1213 г.). После этого архиепископ Ленгтон и другие изгнанные Иоанном духовные и светские лица не только вернулись в отечество, но и получили вознаграждение за понесенные от этого убытки. Этого мало. Желая заручиться поддержкой папы, король обязался платить ему годичную подать в 4000 золотых гульденов и принял из его рук в знак ленной зависимости корону (1213 г.). Но теперь против него поднялись духовные и светские вассалы, потребовавшие гарантии своих прав от произвола короля и в особенности свободы церковных выборов. Тогда король пошел на уступки и принужден был подписать в 1215 г. «Magna charta» — Великую Хартию вольностей. Поднялись новые беспорядки. При поддержке папы, который отверг Хартию вольностей, Иоанн попытался отказаться от данных им обещаний. При таких обстоятельствах недовольные обратились за помощью к наследнику французского королевства Людовику VIII, предложив ему английский трон. Только после смерти Иоанна Безземельного и подтверждения «Magna charta» его сыну, Генриху III, удалось водворить спокойствие.