Иннокентий окончательно разошелся с императором. О конце спора не было ныне и речи. Как и следовало ожидать, Фридрих не подчинился приговору. После того как на самом соборе имперский канцлер Фаддей Свесский (Thaddaus von Suessa), явившийся туда в качестве представителя императора, предупредил решение собора апелляцией к будущему папе и собору истинно Вселенскому, Фридрих провозгласил объявленное ему низложение превышением власти собора. Борьба продолжалась. Война это была тем печальнее, что Восточная церковь, Константинополь и Палестина, больше чем когда бы то ни было нуждались в помощи Запада. Французский король Людовик Святой неоднократно прилагал все свои старания вызвать перемирие, но тщетно. Жребий был брошен. С целью создать ополчение папа Иннокентий стал проповедовать крестовый поход против Фридриха. Борьбу с последним он считал более важной, чем войну с неверными. Вняв советам папы, часть государей в Германии избрала императором ландграфа Генриха Тюрингенского (1246 г.), а по смерти его — Вильгельма Голландского (1247–1256 гг.). Со своей стороны Фридрих также делал отчаянные попытки и беспощадно уничтожал своих врагов. Воссоединенный с церковью архиепископом Пармским, Фридрих умер в 1250 г. в Фиорентино, в Апулии. Сын его и наследник Конрад (1250–1254 гг.) продолжал энергично борьбу, главным театром которой стала Италия. Ни последовавшая вскоре смерть папы, ни смерть обоих соперников не привели к перемирию. После смерти Конрада Александр IV (1254–1261 гг.) напрасно вступил в переговоры с сыном Фридриха и опекуном малолетнего Конрадина — Манфредом. Война в Италии не прекращалась. Избрание в Германии одновременно Ричарда Корнуэльского и Альфонса Х Кастильского, во время которого семь курфюрстов вступили в обладание избирательным правом, привело к своего рода междуцарствию, так как первый претендент продержался весьма мало времени, а второй даже не появлялся в своей империи. Между тем Манфред воевал в Италии с таким счастьем, что сицилийские бароны предложили ему корону (1258 г.). Урбан IV (1261–1264 гг.) после некоторых поисков вручил сицилийскую корону Карлу Анжуйскому, непримиримому врагу Манфреда. Эта кровопролитная война окончилась лишь при Клименте IV (1265–1268 гг.) поражением и смертью Манфреда в битве при Беневенте (1266 г.) и поражением при Скурколе (1268 г.) его племянника Конрадина, прибывшего из Германии после смерти своего дяди для получения наследственной короны. Конрадин был захвачен в плен и безжалостно казнен в Неаполе. С его смертью прекратилась династия Штауфенов. Она много способствовала возвышению Германской империи, но вследствие чрезмерности своих планов сама была причиной своего падения.