Мир длился несколько лет. Император занялся внутренними делами империи. В Германии ему удалось подавать восстание сына своего Генриха: разбив соперника, он предпринял поход против союзников сына — ломбардцев, которых и разбил в битве при Гортендове. После этого война могла бы прекратиться. Побежденные готовы были бы принять благоприятные условия мира. Но Фридрих потребовал от них безусловной сдачи. Тогда последние позорному миру предпочли войну со всеми ее случайностями. На помощь к ним явился папа, которого в последнее время восстановил против себя император. Дело в том, что Фридрих пожаловал незаконного своего сына Энцио сардинской короной, которая находилась в ленной зависимости от святого престола. За этот поступок он вторично подвергся отлучению (1239 г.). Это повлекло за собой великие последствия. Решительно отказавшись от какого бы то ни было соглашения с Григорием, император пошел на все. Рассматривая отлучение как объявление войны, Фридрих начал новую борьбу между папством и империей. Будучи более ожесточенной и кровопролитной, чем при Барбароссе, она закончилась лишь с исчезновением династии Штауфенов. С самого начала враждебных действий с той и другой стороны посыпались взаимные обвинения. Император обвинялся, главным образом, в том, будто он называл одинаково обманщиками Моисея, Христа и Магомета, — выражение, которое хотя и не может быть доказано, но вполне соответствует внутреннему образу мыслей императора. К этому словесному спору присоединилась борьба оружием. Фридрих вторгся в Папскую область. Тогда Григорий уговорил венецианцев занять Апулию, а в Германии, через своего легата архиепископа Альберта из Пассау, попытался провести на престол нового короля на место Фридриха. Через некоторое время папа решил для улаживания этого спора (1241 г.) созвать Вселенский собор. Император, однако, помешал ему состояться: французские прелаты, направлявшиеся в Рим, были взяты в плен близ Эльбы. Вражда еще более обострилась. Император со своими войсками был уже перед стенами Рима, как вдруг папа умер (22 августа 1241 года).

Смерть эта повлекла за собой перерыв в военных действиях на 2 года, так как понтификат Целестина IV длился всего семнадцать дней, а затем папский престол был вакантным в течение двадцати месяцев. После избрания в папы кардинала Синибальда Фиеско под именем Иннокентия IV (1243–1254), одно время можно было думать о скором наступлении мира. Были выработаны даже предварительные мирные условия (1244 г.). До мира, впрочем, было еще далеко. Слишком уже много накопилось неудовольствия и недоверия по отношению друг к другу. Отсюда, когда Иннокентий, опасаясь засады, отклонил личное свидание с императором и бежал в Лион, где и резидировал свыше 6 лет, то переговоры опять сменились войной. В своем послании Фридрих прямо обвинял папу в нарушении мира. Тогда папа, со своей стороны, обратился ко всем королям, князьям и прелатам с приглашением собраться на Западный Вселенский собор в Лион по целому ряду весьма важных дел и, между прочим, по поводу его спора с императором. Германский император был обвинен перед собором в клятвопреступлении, в святотатстве, в ереси и во многих правонарушениях, совершенных им в Сицилии. На основании всего этого Фридрих был осужден и лишен всех своих почестей и достоинства, причем повиновение ему было запрещено под угрозой отлучения от церкви. Германия приглашалась избрать другого короля, а корона Сицилия предоставлялась в распоряжение папы.