Успехи реформации во время этих споров все более и более росли. В 1539 г., когда герцог Генрих унаследовал престол от брата своего Георга, Саксония вся целиком перешла в протестантство. В 1540 г. то же случилось с маркграфством Бранденбургом и с архиепископством Рижским, благодаря курфюрсту Иоакиму II и архиепископу Вильгельму. Религиозные прения нисколько не помешали этому движению. Пфальцграф Отто Генрих Пфальц-Нейбургский по примеру других протестантских монархов отобрал в казну все церковные имущества на покрытие своих долгов и в 1543 году ввел новое церковное устройство. Около этого же времени Франц Вальдек, объединивший в своих руках епископства Мюнстерское, Минденское и Оснабрюксое, стал хлопотать о принятии его в Шмалькальденский союз. После того, как новое учение уже с давних пор водворилось во всех этих владениях, сам Кельн грозил отпасть. Архиепископ Герман, граф фон-Вид, несмотря на сопротивление своего духовенства, опубликовал составленный Буцером из Страсбурга и Меланхтоном проект реформ (1543 г.). Наконец избрание принца Августа Саксонского правителем Мерзебурга следствием своим имело введение реформации и в этой епархии. Турецкая опасность благоприятствовала дальнейшему росту протестантизма. Правда, некоторые беспокойства сулил им заключенный в это время, с согласия реформаторов, второй брак ландграфа Гессенского (1540 г.). Тем не менее, нисколько не смущаясь, они стали притеснять католиков повсюду, где являлись господами положения. Когда соборный парох Юлиан Пфлуг был избран епископом Наумбург-Цейтским (1541 г.), курфюст Саксонский, ссылаясь на свое право покровительства (jus advocatiae), отверг его и своей властью назначил епископом лютеранина Амсдорфа. Вместе с тем он присоединил к себе половину епископства Мейсенского, в другой половине которого князь Мориц Саксонский продолжал начатую его отцом реформацию. Подобного же образа действий держался Шмалькальденский союз в герцогстве Брауншвейг-Вольфенбюттеля, когда он в интересах протестантов изгнал герцога Генриха, законного государя страны (1542 г.).

Около этого времени папой был назначен новый собор в Триденте (1542 г.), который должен был состояться через три года. На Вормском сейме (1545 г.) протестанты отказались принять в нем участие. Их образ мыслей поддерживался реформаторами с Лютером во главе, написавшим в это время сочинение «Против римского папства, основанного диаволом». При таких обстоятельствах нельзя было надеяться на успех, когда Карл V, согласно постановлению на Шпейере в 1544 г., попытался продолжить прения о религиозных делах на Регенсбургском сейме в 1546 году. Единственным результатом их было то, что они наглядно показали неизбежность разрыва. Еле удалось убедить протестантов принять участие в совещании.