В то время, как война, казалось, приходила к концу, явился новый источник раздора. После своей победы 1620 года Фердинанд использовал все права, присвоенные князьям в их владениях, и восстановил католическую религию в своих наследственных землях. Это не все. Как император, он считал своей прямой обязанностью вернуть протестантство в границы, указанные ему Пассаусским договором и Аугсбургским религиозным миром. Согласно с этим он 6 марта 1629 г. издал реституционный эдикт. По смыслу его протестанты должны были возвратить все церковные имущества, секуляризованные с 1552 г. Одновременно с этим немедленно были назначены комиссары для приведения этого указа в исполнение. Осенью 1631 г. были реституированы: два архиепископства, 5 епископств, 2 имперских аббатства, 150 церквей и монастырей и около 200 приходов, расположенных в городах и селениях, доселе бывших протестантскими. Указ этот, направленный к возвращению католической церкви утраченных ею 20 лет тому назад земель, имел за собой правовые данные. Впрочем, впредь можно было предвидеть, что протестанты не откажутся добровольно от земель, владение которыми, хотя и незаконное, восходило к довольно отдаленному времени, и это тем более, что обладание ими имело весьма важное значение для поддержания их власти. Приведение в исполнение императорского указа явилось весьма затруднительным, так как Фердинанд, под влиянием членов Лиги и, главным образом, Баварии, распустил войска Валленштейна. Между тем Франция вовлекла в это дел шведов, обещая им ежегодную денежную субсидию для войны с императором. Положение вещей действительно круто переменилось. Доселе непобедимый Тилли был разбит наголову в 1631 году, вскоре после взятия Магдебурга, Густавом Адольфом при Брейтенфельде. Царственный победитель пал у Лютцена в 1632 г. Сражение при Нордлингене окончилось победой империи (1634 г.). Могущественный курфюст Саксонский принужден был заключить с Фердинандом Пражский мир (1655 г.). Несмотря на это, положение императора было все же весьма непрочным. В интересах мира пришлось отказаться от реституционного эдикта. Мирный договор установил, что церковные имущества, секуляризованные после заключения Пассаусского договора и находящиеся к 12 ноября 1627 г. в руках протестантов, остаются у них в продолжение еще сорока лет, и переходят окончательно в их владение, если в промежуток этого времени не состоится какого-либо соглашения. Император старался избегать решений сомнительных случаев в имперских судах, где заседали в одинаковом числе советники, принадлежащие к двум враждующим религиям. Война, в которой Франция приняла решительное участие, затянулась еще на 13 лет. Борьба постепенно свелась к грабежам, бесконечным опустошениям, избиениям и ненужным жестокостям и обратила в пустыню большую часть Германии. Мир был заключен лишь в 1648 г. в вестфальдских городах в Мюнстере и Оснабрюкке. В первом велись переговоры с Францией, во втором — со шведами и по религиозным вопросам. Для церковной истории имеет значение Instrumentum pacis Osnabrugensis.