Около этого времени реформация стала распространяться также в государствах, управляемых католическими монархами и, главным образом, во владениях дома Габсбургов. В Силезии она утвердилась уже в царствование Фердинанда I. Максимилиан II (1564–1576 гг.), не скрывавший своей симпатии к реформации, хотя наружно и остававшийся католиком, разрешил дворянству великого герцогства Австрийского по сию и по ту сторону Инна совершать в своих церквах богослужение по обрядам аугсбургского вероисповедания. Его брат эрцгерцог Карл распространил это право на Штирию (1572 г.), Каринтию, Крайн и Герц (1578 г.). Позднее раздоры между Рудольфом II (1576–1611 гг.) и его братом Матвеем явились новым источником успехов реформации. Дело в том, что уже значительно раньше богемские братства и лютеране были здесь объединены под именем богемского вероисповедания. Максимилианом II словесно им была обеспечена терпимость. Рудольф всем приверженцам названного вероисповедания в Богемии жалованной грамотой 1609 г. даровал свободу вероисповедания, а трем сословиям — князьям, рыцарям и имперским городам — право строить церкви и осуществлять богослужение. Это право установило равенство между католиками и протестантскими сословиями среди обитателей королевских земель. Одновременно с этим особой жалованной грамотой Силезия получила для всех классов подданных полную свободу богослужения и сооружения церквей.

Если в одной части империи стесненные обстоятельства и слабость облегчили успехи протестантству, то в других областях, под влиянием Тридентского собора и только что возникшего нового духовного ордена — иезуитов, стала усиливаться реакция. По примеру протестантом ius reformandi с еще меньшей застенчивостью воспользовались католические князья. Направление это получило наименование контрреформации. Первый ввел ее в 1554 г. герцог Альберт V Баварский. За ним последовали принц-аббат Дернбах Фульда (1570 г.), Даниил Брендель архиепископ Майнцкий в Эйсфельде (1574 г.), епископы Юлиус Эхтер Меспельбрунн в Вюрцбурге (1582 г.) и Феодор Фюрстенберг в Падерборне (1585 г.). Даже Австрия проявила большую энергию. Рудольф II воспретил отправление протестантского богослужения в городах (1578 г.), а эрцгерцог Фердинанд, его двоюродный брат, совершенно запретил его в Штирии, Каритии и Крайне (1598 г.).

Образ действий светских католических государей вполне соответствовал действующим в то время принципам государственного права. Об образе действий духовных князей и говорить не приходится. Если протестанты могли выставить против этого декларацию Фердинанда I, то католики в свое оправдание могли сослаться еще с большими основаниями на формальное нарушение религиозного договора, виновниками которого явились протестанты. Это, однако, нисколько не мешало тому, что возбуждение протестантов было очень сильно. Католики, в свою очередь, приняли супротивные меры. Раскол между исповеданиями принял вскоре угрожающий характер. Нетерпимость протестантов в Доннаувэрте привела этот город к опале и к присвоению его Баварией. Это повело к столкновению на Регенсбургском сейме в 1608 г. При таких обстоятельствах пал союз, который, несмотря на свою слабость, все же доселе поддерживал мир между областями с разными вероисповеданиями. Тотчас же образовались частные союзы. В том же году в Ахаузене, в Ансбахе, возник протестантский союз с пфальцграфом Фридрихом IV во главе. В следующем году католики «союзу» противопоставили «лигу», под предводительством герцога Максимилиана Баварского. Смерть Иоанна Вильгельма, Юлих-Клеве-Берга, вызвавшая спор из-за наследства между домами Бранденбургским и Пфальц-Нейбургским, быстро привела всех союзников к вооруженному столкновению. Через несколько лет дело уладилось. Герцогство было разделено между наследниками, которые тем временем оба переменили религию. Пфальцграф Вольфганг-Вильгельм обручился с сестрой герцога Баварского и со своей страной воссоединился обратно с церковью. Курфюст Сигизмунд перешел в кальвинизм, не принуждая, впрочем, к нему своих подданных. Вражда между двумя вероисповеданиями не улеглась и по истечении некоторого времени привела к открытой войне.