Время враждебных действий, однако, не кончилось. Так как в виду бездетного брака короля, со смертью герцога Франциска Анжу, последнего отпрыска дома Валуа (1584 г.), право преемства на французский трон получил Генрих Наваррский, то противные партии еще раз ринулись со страшной силой в бой. Ввиду высоко важного значения вопроса, попадет ли корона Франции в руки протестанта или католика, также и иностранные государства с большим жаром ввязались в борьбу. Для поддержания угрожаемой религии образовалась, под предводительством герцога Генриха Гиза, могущественная католическая партия, Лига. Вследствие своих чрезмерно ищущих требований последняя вскоре пришла в конфликт с королем. Франция оказалась на краю гибели. Так как король силой освободился от вождя Лиги и его брата кардинала Людовика, то этим Генрих III возбудил против себя сильнейшее неудовольствие. Он был объявлен тираном своего народа и, как таковому, доминиканец Иаков Клемент нанес смертельный удар. Корона по праву тогда стала принадлежать Генриху IV Бурбону (1589–1610 гг.). При могущественном положении связанной союзом с Испанией Лиги последний для действительного обладания короной должен был сделать шаг, который его примирил бы с французскими роялистами. В 1593 г. Генрих отрекся от протестантизма и был помилован в Риме (1595 г.). Вместе с этим религиозный вопрос был улажен Нантским эдиктом в 1598 г. С одной стороны, католический культ повсюду был восстановлен, где он раньше был подавлен гугенотами, с другой стороны, и протестанты получили во всем королевстве свободу совести, право осуществления культа в широком размере, доступ ко всем должностям и для защиты своих прав представительство в парламенте и в высших судах. Кроме замков и домов дворянства, они могли отправлять свой культ в двух местах в каждом административном округе, а также во всех городах, где он раньше существовал в период с 1596 по август 1597 гг. Рядом с этим, как залог мира, за ними были оставлены находившиеся в их владении укрепленные места еще в течение некоторого определенного времени.

Последняя уступка была сделана с целью успокоить расходившиеся страсти. Так как эти укрепления позволяли реформаторам образовывать государство в государстве, то тем самым создавалась опасность для правительства. На возможность таковой тем более можно было рассчитывать, что поведение гугенотов вовсе не было таким, которые устраняло бы всякий повод к такого рода опасению. Вследствие этого Людовик XIII, по совету Ришелье, покончил с этим положением (1621–1629 гг.). Насколько эти подозрения были основательны, показывает упорство, с которым гугеноты за него держались. Чтобы отстоять свое политическое положение, они, под предводительством герцога Рогана, не только сами взялись за оружие, но также искали поддержки против своего короля у Англии и у других держав. Во всем этом, впрочем, они немного преуспели.