Место собора не нравилось Риму. На Триденте сошлись под влиянием крайней необходимости. Папские легаты настаивали на перерыве или перенесении места заседаний собора. Вследствие этого, когда весной 1547 г. в городе появилась эпидемия сыпного тифа, то это явилось достаточным поводом для выполнения намеченного плана. Большинством голосов было постановлено перенести место заседания в Болонью (S. VIII). Итальянцы и некоторые другие иерархи, приблизительно в числе более 2/3 общего числа голосов, немедленно туда перебрались, тогда как испанцы остались в Триденте. Папа утвердил новое место заседания собора. Напротив, император был весьма недоволен этим обстоятельством, так как оно расстраивало его планы о примирении с протестантами. Он силой заставил последних повиноваться. Собор должен был, согласно его начертаниям, подчинить их церкви. С перенесением собора в город папской области все это рушилось, так как, конечно, было невозможно рассчитывать на появление протестантов на соборе. Отсюда немедленно была применена редукция и этим путем, по крайней мере, достигли того, что болонские соборные декреты не были опубликованы. Оба заседания, 9-е и 10-е, которые там имели место, занялись, главным образом, подготовкой к ближайшей публикации. Конфликт привел в 1549 году даже к приостановке заседаний собора. Папа умер в том же году. И если, с одной стороны, из-за этого разъехались также и те участники собора, которые находились в Триденте, то, с другой стороны, смерть папы облегчила возобновление переговоров. Кардиналы обещали в конклаве пойти навстречу желаниям императора и, в силу этого, новый папа, Юлий III, бывший председатель собора дель-Монте, после некоторых колебаний согласился на возобновление собора в Триденте.

Первое или, по прежнему счету, 11 заседание состоялось еще весной 1551 г. Продолжалось обсуждение учения о таинствах и были опубликованы декреты об евхаристии (S. XIII), покаянии и елеосвящении (S. XIV). Французы, однако, держались в стороне, в виду войны их короля с папой из-за герцогства Пармского. Несмотря на это, число участников было значительно выше сравнительно с первым периодом. Были даже делегаты от немецких протестантов. Присутствие их, правда, не имело никаких последствий. Все слагалось благоприятно. Тем не менее, не было еще возможности довести до конца работу. Дело в том, что протестантские князья в Германии возмутились против императора и Мориц Саксонский двинулся на Тироль. При таких обстоятельствах произошел вторичный перерыв соборных заседаний весной 1552 г.