Папа Иннокентий IV в булле «Ad extirpanda» (1257) узаконил пытки еретиков, а последующие папы — Александр IV (1260), Урбан IV (1262) и Климент IV (1265) — неоднократно подтверждали эту буллу, возлагая на инквизиторов обязанности, связанные со следствием и осуждением еретиков, в том числе и пытки с целью получения у них признаний и выдачи сообщников.
В XIII в. набравший огромную силу институт папства поставил себя над самим Богом. Для того времени характерен следующий вопрос и ответ на него: «Можно ли апеллировать на папу к Богу?» — «Нет, невозможно, так как у Бога и у папы один, общий суд, нельзя апеллировать на папу к нему самому»(!). Всё это происходило на фоне непрерывно усиливающегося религиозного, нравственного и политического упадка папского двора…
«Я сам император», — закончил свою речь в 1300 году папа Бонифатий VIII, явившийся на торжества в императорском облачении. «Отказаться от права низлагать королей значило бы для папы впасть в ересь», — заявил в 1609 году папа Павел V.
Многочисленные непотребства при престоле святого Петра не могли не привести к деградации и упадку института папства. С 1305 года начинался 70-летний период унижения пап. Потеряв свободу и независимость, папы стали вассалами французских королей, а роскошная и далекая от евангельских требований жизнь авиньонских пап вызывала в народе волну искреннего возмущения.
История папства знает случаи низвержения и двоевластия (даже троевластия) пап, связанные с внутренними распрями и церковным упадком, вызванным жалким состоянием церкви, расплачивающейся «великим расколом» за собственные грехи. В начале XV в. во французском Авиньоне находился один папа, в Риме — другой, причем оба яростно враждовали между собой. Раскол продолжался четыре десятилетия. И это — при том, что единство церкви считалось важнейшим символом веры и первым условием ее бытия. А тут — два папы! Который же из них «Петров наместник» и «викарий Христов»? Оба папы, и римский и авиньонский, доказывали законность своего избрания, наполняя Европу взаимными страшными обвинениями и бранью. В 1409 г. собор в Пизе одновременно низложил авиньонского папу Бенедикта XIII и римского — Григория XII, избрав на их место папу Александра V. Но низложенные папы не признали решения собора и прокляли всех его участников — теперь не два, а уже три папы претендовали на звание «наместника Бога на земле».
Год спустя после Пизанского собора умер Александр V и его место занял бывший пират Бальтазар Косса, принявший имя Иоанна XXIII. Многие расценили избрание Коссы на папский престол незаконным. В официальном церковном списке Иоанн XXIII (Б. Косса) числится как антипапа. Это позволило кардиналу Ронкалли после своего избрания на папский престол в 1959 г. повторно принять имя Иоанна XXIII. Что до первого Иоанна XXIII, то, потерпев поражение в войне с неаполитанским королем, он вынужден был оставить Рим и бежать во Флоренцию.