Папа Пий V (1566–1572) буллой от 21 декабря 1566 г. окончательно закрепил особое положение инквизиции: он аннулировал все постановления и распоряжения своих предшественников, хоть как-то ограничивавших деятельность инквизиционного трибунала, и объявил не имеющими силы все решения будущих пап, направленные на смягчение приговоров инквизиции. Этой буллой инквизиционное судилище формально ставилось выше самого папского престола.
Уже в XIX в. папа Пий IX (1846–1878), взошедший на папский престол в 1846 г. и восседавший на нем долгих 32 года, олицетворял самые реакционные силы католической церкви. Именно он стал автором позорного «Силлабуса» — «Списка важнейших заблуждений нашего времени», ставшего приложением к энциклике «Quanta сura» (1865). Это своеобразный манифест церковной инквизиции, в котором преданы анафеме и отлучению от церкви верующие, повинные в симпатиях к пантеизму, натурализму, рационализму, либерализму, протестантизму. В «Силлабусе» папа Пий IX показал себя мракобесом, совершенно не понимающим духа времени: в булле прокляты все свободомыслящие, отстаивающие принцип отделения церкви от государства, ставящие под сомнение светскую власть пап, признающие приоритет светского и гражданского права над церковным, отстаивающие свободу совести. Последняя названа в «Силлабусе» «безумием», а свобода слова — «смердящим заблуждением».
Укажу только одно из 80-ти «заблуждений», перечисленных в «Силлабусе»: «Анафема тому, кто скажет, что римский папа может и должен примириться и вступить в соглашение с прогрессом, либерализмом, современной цивилизацией». Именно Пий IX заставил I Ватиканский вселенский собор (1870) принять догмат о папской непогрешимости и причислил к лику святых испанского инквизитора Педро Арбуэса, известного своими зверствами и убитого в 1485 г. родственниками его жертв.
Причинами кризиса римско-католической церкви стали произвол, злоупотребления и преступления папства, глубокое падение нравственности в среде духовенства, постепенная утрата той роли, которую церковь играла в средневековом обществе. Многочисленные попытки устранить недостатки путем внецерковных преобразований закончились провалом. Стремление высшего католического духовенства установить политическую гегемонию, подчинить себе всю светскую жизнь и государство в целом вызывало недовольство и среди государей, правительств, народа, самих епископов церкви.
Католическая церковь не только объявляла о своих претензиях на полную власть в обществе, но и старалась реализовать их, пуская в ход все свое политическое влияние, военную и финансовую мощь, а также используя слабость центральной власти. Папские послы, сборщики церковных налогов и продавцы индульгенций распространились по всем странам Европы.