С системой настоящего террора по отношению к церковным противникам и инакомыслящим можно познакомиться по сочинению «О России в царствование Алексея Михайловича», написанном дьяком Г. К. Котошихиным, жившем в XVII веке:

…А кого у них (в судах патриарха и церковных властей) за духовные дела… осудят на смерть, кто какую казнь заслужил, и они, из дела выписав приговор свой, посылают с теми осужденными людьми в царский суд, и по тому их приговору из царского суда велят казнить без задержания, кто чего достоин.

…А кого у них (в судах патриарха и церковных властей) за духовные дела… осудят на смерть, кто какую казнь заслужил, и они, из дела выписав приговор свой, посылают с теми осужденными людьми в царский суд, и по тому их приговору из царского суда велят казнить без задержания, кто чего достоин.

«Огненные палаты» на Руси называли «Разбойный приказом», «Сыскным приказом», «Тайной канцелярией», «Преображенским приказом» и др. В Разбойном приказе «жгли живого за богохульство… за волховство, за чернокнижие, за книжное преложение, кто учнет вновь толковать воровски против апостолов, пророков и св. отец с похулением». «Смертные казни женскому полу бывают: за богохульство… жгут живых; за чаровство… отсекают головы».

Православная церковь располагала разветвленными органами, созданными для расследования дел против религии и церкви — Приказом духовных дел, Приказом инквизиторских дел, Раскольнической и Новокрещенской конторами и др. В духовном приказе рассматривались дела о богохульстве, еретичестве, волшебстве, святотатстве. Дела против веры и церкви вело также организованное при Синоде в 1721 г. тиунское управление. Приказ духовных дел наблюдал за «чистотой» православия, расправлялся с раскольниками и еретиками. Приказ инквизиторских дел вел следствие по делам «интересным» и «безгласным». Он имел большой штат инквизиторов как в Москве, так и на местах; возглавлял его протоинквизитор, архимандрит московского Данилова монастыря Пафнутий. В распоряжении Приказа инквизиторских дел были свои подьячие, своя охрана и собственная тюрьма. Настоящим инквизиторским застенком являлась и Раскольническая контора, существовавшая до 1764 г. С организацией духовных консисторий (1744 г.) дела о религиозных преступлениях перешли в их ведение. Консистории производили розыск по делам против веры и церкви, сажали в свои тюрьмы обвиняемых, чинили над ними суд и расправу. Наиболее важные дела вел непосредственно Синод. Он применял такие же инквизиционные методы воздействия, как и другие церковные организации. Монастырские власти вели следствие над неугодными правительству и церкви людьми, держали их в жестоком тюремном заключении.