Сначала агитация страдала от обычных трудностей, связанных с установлением авторитета испанских и португальских королей. Посланный из Рима в Китай епископ попал в шторм около Филиппин и был отправлен обратно испанцами, заставившими его плыть через Тихий океан — невольно получилось, что вокруг земного шара.

Случившееся стало важным знаком как политической слабости Португалии, так и растущего вмешательства Рима в деятельность миссионеров. Подобное произошло и тогда, когда иезуит Александр де Роде, захотевший расширить свою миссию в Индонезии, был уверен в том, что хотел заручиться поддержкой Рима, а не Мадрида или Лиссабона.

Однако необычайная политическая слабость Португалии в середине XVII века уничтожила движущуюся силу католических миссионеров на Востоке и доказала, что папа Александр VI Борджиа когда-то стремился доверить Португалии половину мира, чтобы таким образом уменьшить власть Испании. Ранние сообщения, посланные в Рим, показывают, что Контрреформация едва ли затронула некоторые из американских епархий или Ост-Индию.

Находившиеся на Востоке португальцы вовсе не мешкали, как испанцы на Западе, поощряя местное духовенство. Сына африканского вождя Конго в начале 1518 года, после обучения в Португалии, посвятили в епископы. Риччи настаивал на необходимости китайских священников и испытал жесточайшее разочарование, не добившись этого. Однако в Китае существовали особые сложности с женитьбой детей. В Японии и Индии отмечаются посвящения в сан.

Известно, что брахману по имени Маттео де Кастро было отказано в рукоположении архиепископом Гоа. Тогда он сам отправился в Рим, где после курса теологии был посвящен в священники и вернулся обратно в Гоа. Его встретили со смущением и недоверием и вопреки решению полиции отправили обратно в Рим. В 1637 году Рим посвятил его в епископы, Маттео отправился на корабле, чтобы служить в Идалькане, около Гоа, не находившемся под контролем португальцев.

Архиепископ Гоа отказался помочь де Кастро, объявил его полномочия приостановленными и поместил в тюрьму индийцев, которых тот поспешно посвятил в священники. Маттео снова отправился в Рим, где в 1645 году получил должность апостольского викария в Эфиопии, однако не смог добраться до страны, вернулся обратно в Рим, ему велели вновь отправиться в Эфиопию. Маттео вовсе не являлся человеком, который искал мученической судьбы, поэтому вместо этого он отправился к Великому Моголу в Агру (Индия). Снова вернувшись в Рим, он девятнадцать последующих лет исполнял обязанности советника по индийским проблемам в Ватикане.