В письменной истории христианской церкви не было более впечатляющих и жестоких гонений.

Применение методики проповеди Евангелия Риччи привело к ошеломляющему успеху двух иезуитов, Александра де Роде в Индонезии и Роберта де Нобили в Южной Индии.

С 1606 года Нобили возглавлял миссию в Мадурае. Его самого обучал Саньяси, раскаявшийся представитель касты (варны) брахманов, который одевался в шафрановое одеяние брахманского аскета. Нобили брил голову и носил серьги, вел жизнь отшельника и соблюдал вегетарианскую диету. Брахманы начали восхищаться им как святым человеком, что закончилось принятием Нобили брахманами как своего.

Он написал на тамильском работы, где индусская и христианская мудрость гармонично соотносились между собой. Нобили писал христианские поэмы, напоминавшие древние ведические гимны, позволял своим брахманским обращенным продолжать носить священную нить и праздновать некоторые индуистские праздники.

В открытой им школе Нобили разрешал исполнять языческие обряды и уважал индуистские предрассудки в связи с кастовым делением. Он не дозволял никому дотрагиваться до себя и руководил таинством члена внутренней касты, предлагал облатку на кончике небольшой палки.

Неудивительно, что некоторые из его знакомых европейцев были шокированы, и в Рим было отправлено множество доносов. В 1618 году Нобили заставили появиться перед судом архиепископа Гоа, он вызвал смятение, появившись в одеянии брахманского аскета. О «деле малабарских ритуалов» доложили в Риме. В 1623 году Рим отказался осудить Нобили, «до тех пор, пока не поступит дальнейшая информация». Поэтому Нобили продолжал распространять свое необычное и удачное проповедование Евангелия, пока среди 4000 христиан Мадурая не появилось двадцать шесть крещеных брахманов.

Короли Испании и Португалии контролировали миссионерские церкви более тщательно, чем регулировали деятельность церкви у себя дома. Подобный диктат папа санкционировал своей буллой (Universalis Ecclesiae) 1508 года, оказавшейся бесценной в период первых организаций, широко раскинувших свои приходы, и иногда весьма анархических в своей деятельности зарубежных церквей. По мере того как позиция таких церквей укреплялась, они превращались в жесткую структуру, сковывавшую усилия миссионеров.

Только в XVII веке Рим смог непосредственно вмешаться в деятельность миссионеров, и только потому, что политическая власть Испании и Португалии начала ослабевать. К концу XVI века Рим создал комиссию кардиналов с целью установления миссионерских проблем. В 1622 году, чтобы усилить их миссионерское рвение, папа Григорий XV возвысил комиссию кардиналов до Священной конгрегации пропаганды.