Даже в Японии было известно, что испанские миссионеры действовали рука об руку с испанскими завоевателями. Иезуит отец Алонсо Санчес сделал набросок (в 1586 году) схемы вторжения и завоевания Китая. Епископ Манилы заявил королю Филиппу II следующее: «Ни Юлий Цезарь, ни Александр Великий никогда не получали подобной возможности, с духовной точки зрения нет ничего более значительного, и подобного не предпринималось с апостольских времен».

В 1596 году на японский берег выплыл рулевой испанского галеона, потерпевшего кораблекрушение. Предполагают, что он заявил одному из советников японского правителя, что миссионеры во многом способствовали испанским завоеваниям. При подобных обстоятельствах правитель начал воспринимать миссионеров, как в свое время королева Елизавета относилась к иезуитам — то есть как передовой отряд, предшествующий испанским вторжениям.

Разнообразные эдикты ознаменовали изменения в политике. В 1614 году японский правитель (сёгун) Иэясу издал вердикт, в котором обвинил миссионеров в предательстве, в том, что пытаются низвергнуть истинное учение, и позже изгнал их из Японии.

Так начались преследования, с которыми трудно сравнить что-либо в христианской истории. Между 1614 и 1646 годами приняли мученическую смерть 4045 миссионеров, одних убили мечом, других сожгли у столба, третьих подвергли медленному варению в котле. Следующих подвешивали над ямой, полной нечистот, сделав надрез на голове, позволяя крови медленно вытекать. В таком положении страдалец оставался живым в течение нескольких дней.

С 1627 года подозреваемых заставляли забрызгивать грязью изображения Христа или Девы Марии. Начиная с 1623 года в большинстве районов многим приходилось представлять ежегодную бумагу в храм или магистратам, удостоверяющую, что они принадлежат к одной из буддистских сект.

В 1637–1638 годах множество христиан присоединились к крестьянскому восстанию в Симабаре, закончившемуся массовой резней. Всякому, кто заявлял, что он не христианин, даровали жизнь, остальных, мужчин, женщин и детей, убивали, всего умертвили 37 000 человек (согласно современным подсчетам).

Декретом 1638 года страну закрыли для иностранцев. В 1642 году в Японии тайно высадились восемь иезуитов, но их тотчас обнаружили и после жестоких пыток убили. Еще десять человек попытались высадиться в 1643 году, похоже, что они отказались от своей веры после пытки ямой. На протяжении столетия продолжались стихийные гонения на христиан.

Открытия современных архивов свидетельствуют, что между 1660 и 1691 годами в Бунго погибли 486 христиан — казнили, или они умерли в тюрьме. В 1614 году в Японии было примерно 300 000 христиан, в 1697-м — всего несколько человек.