В Америке и на Филиппинах большинство испанцев поступали так, как будто среди жителей никакой старой религии не существовало, поэтому они вполне могли продвигать христианскую веру. В 1531 году епископ Сумаррага писал из Мехико, что они уничтожили более 500 храмов и 20 000 идолов.

Отец Барнардино да Саагун глубоко изучил с антропологической точки зрения племена Америки, и его исследование стало важным свидетельством исчезнувшего общества. Однако Саагун не пользовался популярностью среди своих коллег, его книги запрещались и были опубликованы только в современное время, последователей у него не оказалось.

Человеческие жертвоприношения и грубые отталкивающие культы заставляли миссионеров воспринимать их соответствующим образом. Испанский опыт взаимоотношений с индейскими племенами и их религиями в Америке не обязательно является основанием жесткого противоборства христианства и индуизма, христианства и буддизма.

Очевидной проблемой, появившейся вместе с восточными религиями, стала языковая, использование тех понятий, которые смогли бы выразить основы христианского учения. Христианские учителя могли делать это более доходчиво, если бы использовали понятия, сходные с теми, что существовали в других религиях. Но они сталкивались с риском ввести в заблуждение своих слушателей, используя такие понятия из нехристианских систем со всеми их ошибочными толкованиями.

С такой проблемой однажды столкнулся Хавьер. В Японии он сначала перевел слово «Бог», воспользовавшись буддистским аналогом «Дайничи», и только через несколько месяцев, поняв, что воспользовался пагубным переводом, заменил его португальским «Деус», показавшимся ортодоксальным, но непонятным для японцев.

Как и в других известных религиях, более актуальными стали вопросы практического рода. Вряд ли это беспокоило испанцев, они не одобряли все старые обряды, обращали своих неофитов не только в христиан, но и, в культурном отношении, в испанцев. Ту же самую политику пытались применить и португальцы в Гоа. Оригинальный португальский катехизис для Индии в виде вопроса «Вы хотите стать христианином?» звучал как: «Вам хотелось бы присоединиться к касте европейцев?»

Вскоре стало очевидным, что подобные действия невозможны, и поэтому миссионерам приходилась решать, какие из социальных обычаев японцев, китайцев или индейцев считались только социальными и гражданскими, а какие — религиозными, а значит — несовместимыми с новыми христианскими ценностями принимающих крещение.

Почитание предков в Китае и деление на касты (варны) в Индии являлись важными неотъемлемыми составными частями социальных систем. Иезуиты в Китае придерживались мнения, что почитание предков являлось социальным, а не религиозным действием. Если же все же оно и было религиозным, то вряд ли сильно отличалось от католических молитв об усопшем. Иезуиты хотели, чтобы китайцы воспринимали христианство не как замену, не как новую религию, а как высшее воплощение их самых прекрасных ожиданий.