За годы управления духовным ведомством граф Н. А. Протасов многократно получал знаки благоволения монарха: 3 апреля 1838 г. он был произведен в чин генерал-майора и зачислен в Свиту Его Императорского Величества; 26 марта 1839 г. – награждён орденом св. Анны 1 степени, а спустя девять месяцев – и орденом св. Георгия 4 степени (3 декабря 1839 г.). Через год, 14 апреля 1840 г., граф стал генерал-адъютантом Свиты Его Императорского Величества, а 11 апреля 1848 г. – и генерал-лейтенантом. 23 апреля 1850 г. был награждён орденом Белого Орла, а 30 марта 1852 г. стал кавалером ордена св. Александра Невского[655].

Наконец, 1 января 1853 г. он получил высочайшее повеление присутствовать в Государственном Совете «с оставлением в прежних должностях и звании». С тех пор граф по понедельникам неизменно приезжал к присутствию в Государственный Совет. Поскольку он был человеком военным, то его место в Государственном Совете определялось не статусом занимаемой им обер-прокурорской должности, а старшинством чина. Поскольку генерал-лейтенантом Протасов стал 11 апреля 1848 г., то ему определили «стоять за членом Государственного Совета генерал-адъютантом Игнатьевым 1-м»[656], получившим чин генерал-лейтенанта 23 марта 1847 г. Генерал П. Н. Игнатьев в то время был членом Совета о военно-учебных заведениях, состоял дежурным генералом[657]. Как видим, всевластный «министр» в духовном ведомстве, граф Н. А. Протасов в Государственном Совете имел место после военного, стоявшего в чиновничьем отношении много ниже его. В николаевское царствование странным это не было, ибо бюрократическое начало тогда неизменно превалировало.

К концу жизни, будучи полновластным распорядителем дел в духовном ведомстве, равно как и судеб состоящего в нём духовенства, граф Н. А. Протасов вызывал резкую неприязнь у многих представителей иерархии и столичных клириков. Упоминавшийся выше отец Климент (Можаров), представитель «учёного монашества», говоря о Протасове, не мог сдерживать эмоций. «Господи! Господи! – восклицал он, беседуя с профессором Д. И. Ростиславовым. – К чему это должность обер-прокурора Св. Синода поручают мирянам? Почему бы не поручить её какому-либо епископу, или архимандриту? Потому, не гораздо ли лучше было бы, если бы должности обер-секретарей в Св. Синоде занимали архимандриты и игумены, а должности секретарей – игумены и иеромонахи? Ведь ведомство наше называется духовным. А между тем, вошедши в канцелярию Св. Синода, между служащими в ней не увидишь ни одного духовного лица; за всеми столами сидят только миряне. Даже в присутственной зале Св. Синода сколько сидит мирян?» Резюмируя, профессор Д. И. Ростиславов добавил уже от себя: «мысли, высказанные о. Климентом, принадлежали не ему одному, а целому его сословию ‹…›»[658].