Как уже говорилось, главная цель этого сочинения — защита православного вероучения. Однако Зиновий Отенский в отдельных случаях поднимается до изложения и самостоятельной трактовки некоторых важнейших религиозно-философских вопросов, которые до него не занимали большого места в русской религиозно-философской традиции.

К числу таких вопросов относится, например, проблема истины бытия Божия. В главах 5–20 своей книги истину бытия Божия Зиновий Отенский подтверждает следующими соображениями. Первое — мы видим, что все роды животных, птицы, рыбы, звери, скоты и люди происходят от своих родителей, а те от своих родителей и так далее. Таким образом, через ряд рождений мы постепенно восходим до самых первых родоначальников всех животных и людей. Откуда же эти родоначальники? Из воздуха или из чего-то другого они произойти не могли, ведь со времени сотворения мира прошло уже более 7000 лет, и ничего подобного не случалось. Следовательно, все они получили свое бытие и были сотворены от Бога. Второе — душа человеческая по естеству влечется к Богу, ищет Его, старается служить Ему, и все народы Земли служат Господу, все веруют и исповедуют, что Бог есть, хотя одни служат Богу истинному, а другие богам ложным (идолопоклонники). Следовательно, Бог есть, и душа так и создана Им, чтобы к Нему стремиться. Третье — небо, звезды, все стихии (земля, вода, воздух, огонь) не самобытны, не безначальны, не вечны, потому что все они подлежат переменам, все имеют движение, которое некогда должно было начаться, а стихии еще и враждебны между собой и действуют одна на другую разрушительно. Следовательно, необходимо признать, что есть Бог, Который всему дал бытие и содержит стихии в порядке, чтобы они не погубили одна другую и не разрушили мира.

Эти три доказательства в пользу истины бытия Божия — уникальное явление в истории русской религиозно-философской мысли XI–XVII вв. Уже говорилось, что русским книжникам были чужды логические доказательства бытия Божия, столь характерные для римско-католических теологов. В частности, Фома Аквинский еще в XIII веке разработал пять доказательств бытия Божия, ставших догматической основой всего римско-католического вероучения. Конечно, доказательства Зиновия Отенского не имеют никакого отношения к учению Фомы Аквинского, хотя один из тезисов — последний — напоминает тезис Аквината о движении. Тем более интересна попытка новгородского инока самостоятельно аргументировать важнейшую богословскую проблему.

Подробнейшему рассмотрению подвергает Зиновий Отенский и другие проблемы — о Святой Троице, об исповедании и богочеловеческой природе Христа, о воплощении Христа, о почитании Пресвятой Богородицы и Святого Креста, об иконопочитании, о церковном Предании, об устройстве мира и человека и др.