Крах коммунистической идеологии и Закон о свободе совести 1990 г. не только открыли перед мусульманами России невиданные перспективы, но и стали для них серьезным искушением — впервые за всю историю мусульманские организации лишились государственной опеки и оказались предоставлены сами себе. Такая ситуация немедленно обернулась прогрессирующими расколами исламских сообществ, побочными эффектами которых стали междоусобная борьба, потеря преемственности между поколениями духовных лидеров и беспрепятственная экспансия нетрадиционных для страны течений ислама.

Мусульманские лидеры новой России не смогли использовать накопленный их предшественниками опыт международных связей и отношений с властными структурами. Наиболее сведущие в этом вопросе специалисты — муфтий ДУМСК Махмуд Геккиев и муфтий ДУМЕС Талгат Таджуддин не успели реализовать свой потенциал: первый был свергнут еще в 1989 г., а второй после раскола 1992 г. вынуждено сконцентрировался на борьбе с агрессивными оппонентами, угрожавшим самому существованию старейшего в стране муфтията. В итоге появившимся на обломках советских ДУМов новым муфтиятам пришлось с чистого листа выстраивать свои отношения с государством и зарубежными партнерами, что привело ко многим фатальным просчетам.

До 1999 г. исламское сообщество России было предоставлено само себе, и властям от его лидеров требовалось только одно — безоговорочная поддержка на выборах. Такая ситуация стала исключительно благоприятной для развития исламских политических структур, которые начали оспаривать власть над уммой у муфтиятов. Это породило новые трения и расколы, дополнительно усилив царящий в исламском сообществе России беспорядок.

После вторжения ваххабитов в Дагестан федеральная власть, наконец, обратила внимание на векторы развития своей исламской общины и начала прикладывать усилия к их корректировке. Были приняты решения помочь мусульманам в восстановлении системы образования и минимизировать влияние на них зарубежных деструктивных сил. Особое внимание при этом было уделено участию мусульманских лидеров в межрелигиозном диалоге с тем, чтобы минимизировать опасность провоцируемых ваххабитами столкновений на этой почве. Таким образом власти Российской Федерации вернулись к политике царских властей, требовавших от мусульман лояльности по отношению к себе и религиозному большинству.

Сейчас по соотношению объемов государственной помощи и численности мусульманского населения ислам стал самой привилегированной религией России. По инициативе властей в 2006 г. был создан Фонд поддержки исламской культуры, науки и образования, ежегодно вкладывающий миллионы долларов в финансирование различных программ духовных управлений, а с 2007 г. по эгидой Министерства образования и науки РФ действует программа по подготовке специалистов с углубленным изучением истории и культуры ислама, в рамках которой только в мусульманское образование ежегодно вливаются сотни миллионов рублей. Для имамов и муфтиев проводятся курсы повышения квалификации на кафедре государственно-конфессиональных отношений Российской академии государственной службы, будущих мусульманских дипломатов готовят и в Институте международных отношений и социально-политических наук Московского государственного лингвистического университета, где для мусульманских студентов выделена специальная квота.