Конечно, отношения мусульманского меньшинства с властями и православной общиной были далеко не безоблачными. Ухудшение отношения к исламу, ставшее особенно заметным в годы правления царей Ивана Грозного и Федора Иоанновича, было вызвано, по всей видимости, падением Византийской империи и появлением у Москвы нового опасного соперника в лице быстро усиливающейся Османской империи. То обстоятельство, что окружавшие Российское Государство — Крымское, Казанское и Астраханское ханство стали сателлитами Стамбула и все чаще вели войны под знаменем ислама, не улучшало отношения к этой религии.

Российский ислам стал видится многим православным управляемой извне и враждебной силой, тем более, что многие проживающие в России мусульмане по традиции считали своим духовным главой турецкого султана. Касимовское ханство постепенно христианизировалось, равно как покрестились и многие дружественные Москве татарские мурзы, что привело к резкому сокращению числа «дружественных» мусульман, создававших положительный образ своей религии в глазах конфессионального большинства.

Между тем Россия уже выбрала исторический путь империи, что подразумевало проживание в ее пределах людей разных национальностей и вероисповеданий. Насильственная гомогенизация населения виделась ее властям делом малополезным, хотя многие региональные чиновники имели особый взгляд на эту проблему, что нередко и приводило к волнениям нетитульных народов. Тем не менее военная и государственная служба для российских граждан исламской веры никогда не были закрыты, и отличившийся на них выходец из мусульманской среды объективно повышал доверие ко всем своим единоверцам. Это обстоятельство выгодно отличало российских мусульман от христиан Османской империи, которые принципиально не имели такой возможности.

После ряда стратегических побед над Турцией в XVIII в. Россия решила смягчить свою политику по отношению к мусульманам, которые вели себя вполне лояльно и уже в меньшей степени тяготели к терпящему поражение за поражением Стамбулу. Для установления нормальных отношений с исламским сообществом требовалось определить его полномочных представителей, которыми были выбраны авторитетные и адекватные духовные лидеры. Их иерархия была легализована и упорядочена Екатериной II через издание указов о создании Оренбургского магометанского духовного собрания и Таврического магометанского духовного правления, чье руководство получило государственное довольствие и большие привилегии. С этого момента духовное руководство российскими мусульманами официально перешло от турецкого султана к назначаемым властями муфтиям и шейх-уль-исламам, которые имели свободу вероисповедания при условии полной лояльности властям и непричинении ущерба Православной Церкви.