Самой сложной проблемой в сфере государственно-исламских взаимоотношений остается катастрофическая нехватка кадров, которую пока не в состоянии решить даже принимаемые энергичные меры по обучению в ведущих светских вузах будущей мусульманской элиты. Сейчас российская умма опять стоит перед угрозой нового и уже радикального разрыва между поколениями духовных лидеров.
Касаясь иных аспектов политики официальных исламских структур России, можно отметить, что сношения мусульманских лидеров с общественными и политическими организациями мусульманского характера к настоящему моменту практически сошли на нет — из мусульманских партий уцелел только «карликовый» «Исламский комитет» Гейдара Джемаля, изредка пытающийся привлечь к себе внимание особо провокационными заявлениями. Диалога с ним никто не ведет, поскольку его влияние ограничено виртуальным пространством Интернета и даже там оно выглядит весьма скромно.
Общественные организации мусульманского характера представлены сейчас в основном объединениями по профессиональному признаку — например, ассоциациями мусульманских журналистов или мусульманских врачей и серьезного влияния на жизнь уммы не оказываются. Созданное в 2005 г. как общероссийское общественное движение «Российское исламское наследие», позиционировавшее себя как альтернативный муфтиятам полюс мусульманского сообщества, к настоящему времени пришло в упадок и практически полностью заморозило свою деятельность.Диалог между направлениями ислама в России развивается слабо, как, впрочем, и на всем постсоветском пространстве, за исключением Азербайджанской Республики. Тем не менее отсутствие заметных конфликтов между суннитами и шиитами, а также между ханафитами и шафиитами свидетельствует о стабильности в этой сфере. Основные внутриисламские конфликты на религиозной почве сейчас идут по линии традиционные- нетрадиционные мусульмане, а точнее — войны приверженцев ваххабитской идеологии со всеми инакомыслящими.
Межрелигиозный диалог продолжает развиваться, хотя и не так интенсивно, как раньше. В июле 2009 г. Совет муфтиев России был вынужден поддержать предложенную Русской Православной Церковью и пролоббированную Президентом России Д.А.Медведевым программу преподавания религии в средней школе и введении института военного духовенства, после чего главная проблема в православно-мусульманском диалоге была снята. Радикальное крыло Совета муфтиев, чьи представители были основным раздражающим фактором в межрелигиозных отношениях, также снизило свою активность, четко осознав изменившуюся политическую конъюнктуру.