На протяжении очень долгого времени далекое прошлое Египта казалось непостижимым. Считалось, будто цивилизация возникла во времена Джосера уже полностью сформировавшейся, подобно Минерве, выскочившей во всеоружии из головы Зевса. В 1868 г. геолог Арселлен обнаружил слой с кремневыми орудиями, очень похожими на найденные в Сент-Ашеле. Однако на протяжении многих лет египтологи заявляли, будто древнеегипетские орудия труда из кремня следует датировать эпохой правления фараонов. Благодаря работе, проведенной де Морганом, являвшимся директором Службы древностей с 1893 г., стало понятно, что большая часть подобных орудий труда относится к доисторическим временам. Как и в Европе, в Египте камень сначала откалывали и только потом уже стали шлифовать, а металл начали использовать еще позднее.

Почти одновременно с обнаружением артефактов периода правления представителей двух первых династий в Египте были сделаны находки, которые можно отнести к эпохе энеолита. Флиндерс Питри, работавший в Коптосе, пересек Нил и между Тухом и Балласом обнаружил погребения прежде неизвестного типа, в которых тела умерших лежали на боку, окруженные погребальным инвентарем – сосудами, украшенными орнаментами, нанесенными краской пурпурного цвета. Эти узоры чуть не стали настоящим яблоком раздора для египтологов. Некоторые из них полагали, будто эти орнаменты представляют собой символические изображения деревни, а другие видели в них рисунки лодок. В конце концов вторая точка зрения стала доминирующей. После нескольких весьма оживленных дискуссий исследователи пришли к единому мнению о том, что цивилизацию создателей данных сосудов следует отнести к доисторической эпохе.

Очередь двух первых династий правителей Древнего Египта наступила тогда, когда Амелино в промежуток между 1895 и 1898 гг. и Питри между 1899 и 1901 гг. обнаружили к западу от Абидоса царские гробницы, относящиеся к этому периоду, и провели там археологические исследования. В 1897 г. в Нагаде де Морган нашел гробницу, на протяжении долгого времени считавшуюся принадлежащей Менесу. Квибелл, принимавший участие в нескольких экспедициях Питри, обнаружил на развалинах Иераконполя золотую голову сокола, одно из наиболее прекрасных произведений древнеегипетского искусства. Он также нашел палетку Нармера и другие памятники раннединастической эпохи. Очень скоро ученые получили возможность ознакомиться с этими бесценными находками, опубликованными в монографии Питри «Баллас и Нагада, царские гробницы Абидоса» (Ballas and Naqada, The Royal Tombs of Abydos), труде де Моргана «Исследование истоков Египта» (Recherches sur les origines de l’Egypte) и книге Квибелла «Иераконполь» (Hieraconpolis). Эти публикации до сих пор остаются основополагающими для всех египтологов, специализирующихся на изучении доисторического Египта.