Несмотря на тревожную обстановку, беседа прошла успешно. Исаак подтвердил, что ему вполне достаточно титула кесаря – при некоторых необременительных условиях. Однако тем же вечером из столицы пришли новые вести: в результате переворота, поддержанного патриархом, Михаила свергли, и ему пришлось укрываться в Святой Софии. 1 сентября 1057 года Исаак I Комнин триумфально вошел в столицу в сопровождении нескольких тысяч жителей Константинополя, которые переплыли через Мраморное море, чтобы его приветствовать. Михаил VI Стратиотик пробыл у власти один год. Надо отдать должное его преемнику: Михаила не ослепили и не сослали – отречения сочли достаточным. Вскоре Михаил Старик, как его называет Пселл, умер как частное лицо.

Исаак Комнин принял византийский трон лишь с одной мыслью – вернуть империи то величие, которым она обладала полувеком ранее. Пселл рассказывает, что он принялся за работу вечером того же дня, когда вошел во дворец, – даже не приняв ванну и не переодевшись. Его целью была полная военная реформа, и он шел к ней с военной эффективностью. Он обеспечил армии надлежащую финансовую поддержку и быстро восстановил твердую военную власть, в которой заключалась единственная долгосрочная надежда на безопасность. Однако на все это требовались деньги, и Исаак немедленно приступил к выполнению программы по крупномасштабной конфискации территорий. Обширные земельные владения, недавно подаренные фаворитам и временщикам, были отняты без компенсации; однако его меры в отношении церковной собственности оказались более сложными. Михаил Керуларий был тогда почти так же влиятелен, как и сам василевс, и пользовался даже большей популярностью. Будучи во многом ответственным за свержение Михаила VI, он ожидал признания своих заслуг. Исаак был вполне готов на уступки там, где не возникало прямой угрозы интересам империи; он охотно передал в управление Керуларию храм Святой Софии (раньше это была императорская обязанность) и согласился не вторгаться на территорию духовных вопросов, а патриарх, в свою очередь, обязался вести себя таким же образом в отношении мирских дел. Трудность заключалась в том, чтобы провести границу между этими двумя сферами жизни. На этот счет у патриарха были собственные, весьма определенные мысли, выражая которые он без колебаний пригрозил Исааку свержением.

Император счел, что Керуларий зашел слишком далеко. 8 ноября 1058 года патриарха арестовали и отправили в ссылку; однако даже после этого он отказался уйти с поста, и Исааку пришлось организовать официальный приговор о лишении патриарха власти. Необходимый для этого синод благоразумно собрали в провинциальном городе. В прежние времена Керуларий оказал бы яростное сопротивление, но он был уже стар, и это напряжение оказалось ему не по силам. Он умер от гнева и разбитого сердца еще до того, как приговор был вынесен. Однако битва еще не кончилась: народ счел любимого патриарха мучеником, и императору так и не удалось восстановить свою популярность среди населения. Всего через год с небольшим после начала царствования он обнаружил, что церковь, аристократия и народ непримиримо настроены против него. Только солдаты поддерживали его все как один; благодаря им он защитил восточные границы и отбил несколько нападений венгров и печенегов. Все это время он поражал окружающих своей сверхчеловеческой энергией: казалось, ему почти не требуется сна или даже простого отдыха. Его единственным развлечением была охота, которой он занимался с той же неутомимой решительностью. Именно во время охоты ближе к концу 1059 года он заразился лихорадкой, которая стала причиной его преждевременной смерти.