По боковой линии Михаил был потомком Иосифа Вринги, главного министра Романа II, однако проявлял прискорбно мало политических талантов предка. Мудрое правление в Византии середины XI века состояло прежде всего в умении сохранять равновесие между администрацией и военной аристократией; Михаил же потакал первым и подвергал преследованиям вторых. Весной 1057 года, во время ежегодной церемонии на Страстной неделе, когда император по традиции раздавал дары, весь сенат, а также все старшие судьи и чиновники, к своему изумлению, получили огромные награды и автоматическое повышение по службе – некоторых повысили на два, а то и на три ранга. Потом настала очередь армии, но вместо того, чтобы выразить главным военачальникам благодарность за верную службу его предшественникам, Михаил обрушил на главнокомандующего Исаака Комнина лавину оскорблений, обвинив, что он едва не потерял Антиохию, развратил армию, не выказывал никаких лидерских качеств и растратил государственные деньги.

Похоже, эти беспочвенные нападки были просто результатом уязвленного самолюбия: в течение сорока лет военная аристократия относилась к Михаилу свысока, и теперь он наконец мог высказать им все, что о них думает. С этого времени его падение было обеспечено. Негодующие генералы устали от правления бюрократов, которые обустраивали себе теплые гнездышки, пока армия слабела, а враги империи наступали; они считали, что пришло время избавиться от длинной череды ни на что не годных императоров, престарелых императриц и бесполых евнухов, которые ими манипулируют, и вернуть древнюю римскую традицию настоящих императоров-военачальников, лично ведущих армию к победе. Исаак Комнин казался им очевидным выбором, но он ответил отказом и уехал в свое поместье в Пафлагонии. Однако его коллеги остались в столице, чтобы выяснить народные настроения, и вскоре обнаружили неожиданного союзника – патриарха Михаила Керулария, который тайком открыл заговорщикам двери Святой Софии.

В ту ночь во мраке главной церкви военные лидеры Византии собрались, чтобы обсудить свержение Михаила Стратиотика, и вскоре сошлись на том, что Исаак Комнин – единственно возможный преемник. 8 июня 1057 года находившийся в своем поместье Исаак позволил провозгласить себя императором. Движение, которое он возглавил, не было обычным мятежом. Это была полномасштабная гражданская война, в которой участвовала практически вся азиатская армия и которую поддерживали многие византийцы из всех социальных классов и слоев общества. Исаак, которого его солдаты провозгласили императором и по старой традиции подняли на щит, имел гораздо больше законных прав на трон, чем Михаил: он явился не как претендент, а как тот, кто в глазах своих сторонников уже был законным василевсом. Что касается Михаила, то он ни о чем не подозревал, пока не получил весть о провозглашении Исаака императором. После этого он призвал в столицу европейскую армию и те азиатские полки, которые остались ему верны. Командование этой армией было поручено доместику схол Феодору и, что гораздо любопытнее, магистру Аарону, члену болгарской княжеской семьи, который приходился Исааку Комнину шурином.