Тем временем возник раскол между его последователями и семейством Дука, которое возражало против его отношений с Марией Аланской. Ожидалось, что с его появлением она покинет дворец, но этого не произошло. Правда, она была приемной матерью нового императора, однако это едва ли могло объяснить решение Алексея остаться с ней, а жену и ее родственников поселить в другом дворце, поменьше и расположенном в низине. Слухи распространились быстро: некоторые шептались, что Алексей планирует развестись с Ириной, чтобы стать третьим мужем Марии; другие говорили, что настоящей силой, стоящей за этими событиями, была его мать, грозная Анна Далассина, ненавидевшая семейство Дука и желавшая лишить их власти и влияния. Первые вполне могли быть правы; вторые были правы наверняка. Масла в огонь подлил сам Алексей, через несколько дней, в Пасхальное воскресенье, не допустив жену на коронацию.
Семья Дука сочла это непозволительным оскорблением. Императрица не была одной из них: она имела законный статус, который давал ей значительную власть. У нее был собственный двор, она сама распоряжалась своими доходами и играла важную роль в придворном церемониале. Алексей явно испытывал неловкость из-за своего решения. Он пребывал в огромном долгу перед родом Дука, и глупо было настраивать против себя самую влиятельную семью империи. На время он позволил матери себя убедить, однако скоро понял, что перешел границы дозволенного.
В конце концов инициативу проявил патриарх. Он серьезно поговорил с императором, и через несколько дней юную императрицу короновали в храме Святой Софии. Семья Дука знала, что они одержали победу, а Алексей получил первый урок. Все эмоциональные связи между ним и его приемной матерью отныне были разорваны, и Мария согласилась покинуть дворец Буколеон при условии, что Константин, ее сын от Михаила VII, станет соправителем Алексея. Эту просьбу удовлетворили, после чего она и Константин удалились в просторный особняк, построенный Константином X для Склирены около тридцати пяти лет назад. Их сопровождал Исаак Комнин, которому Алексей присвоил новоизобретенный титул
Однако на политическом горизонте быстро сгущались тучи. Через месяц после коронации Алексея герцог Апулии Роберт Гвискар начал масштабное наступление на Римскую империю.
История норманнов на юге Италии началась около 1015 года с группы молодых нормандских пилигримов, которых правитель лангобардов уговорил стать наемниками в войне против византийцев. Слух об этом вскоре дошел до Нормандии, и первый ручеек свободных младших сыновей, странствовавших в поисках богатства и приключений, быстро разросся до масштабов устойчивой иммиграции. Вскоре они стали брать плату за свои услуги, и в 1053 году в битве при Чивитате в Апулии разбили сильно превосходившую их армию, которую собрал и лично повел против них папа Лев IX.