Кантакузин мог легко возразить на это, что, поскольку он всегда лично сопровождал императора в походах, нынешняя ситуация совершенно иная; однако тогда его гораздо больше тревожил другой его прежний протеже, Алексей Апокавк. Выскочка и авантюрист туманного происхождения, Апокавк был одним из главных сторонников Андроника III в борьбе с дедом и с тех пор повсюду следовал за Иоанном, благодаря которому стал великим дукой – командующим византийским флотом. После смерти Андроника он убеждал своего патрона принять корону, однако Иоанн был непреклонен: он должен служить Палеологам. Апокавк принялся плести заговор с целью свержения Иоанна, а императрица, патриарх и великий доместик заключили ненадежное временное соглашение касательно ведения государственных дел.

Однако смерть василевса всегда влечет за собой тревоги и злоключения, и вскоре три главных врага Византии вновь перешли в наступление: сербы двинулись на Фессалоники, болгары собрались у северной границы, а османские турки грабили побережье Фракии. Иоанну пришлось нанимать солдат на свои деньги, однако он добился в этом поразительного успеха: порядок был восстановлен, и Византия подписала договоры со Стефаном Душаном, Иваном Александром и эмиром Орханом, а из Мореи прибыли послы с предложением сдать византийцам Ахейское княжество. Во время вынужденного отсутствия Иоанна в столице его враги нанесли ему удар: по наущению Апокавка, императрицы Анны и патриарха толпа ворвалась в его дворец, разграбила его и спалила дотла. Были уничтожены и его загородные поместья. Патриарх объявил себя регентом, а Апокавк – городским префектом. Семью Иоанна посадили под домашний арест, а его лишили поста главнокомандующего.

Заговорщики зашли слишком далеко, забыв, что в армии все как один на стороне Иоанна, и 26 октября 1341 года солдаты провозгласили его василевсом. Сам он продолжал настаивать, что законным императором, пусть пока и не коронованным, остается юный Иоанн V, и у нас нет причин сомневаться в его искренности. И все же факт остается фактом: армия традиционным способом объявила его государем, а поскольку о признании его таковым со стороны константинопольского режима не могло быть и речи, гражданская война была неизбежна. Через несколько дней после провозглашения Иоанна василевсом пришло известие, что патриарх отлучил его от церкви, а 19 ноября в храме Святой Софии должным образом короновали Иоанна V.

Положение Кантакузина было невыигрышным. Долгие годы разрыв между простым народом и аристократией становился все шире; враги Византии наступали, в страну хлынул поток беженцев, и условия жизни бедноты стали еще более безнадежными. Алексей Апокавк, в кои-то веки благодарный судьбе за свое скромное происхождение, мог выдавать себя за защитника обездоленных от привилегированного класса. Эта идея быстро распространилась по стране. В Адрианополе народная коммуна захватила власть от имени регента, Апокавк ее признал и отправил туда сына Мануила в качестве своего представителя. Через несколько недель за оружие взялась вся Фракия, и представителям класса землевладельцев пришлось скрываться или поспешно бежать. В Фессалониках власть захватила партия экстремистов, известных как зелоты, которые установили основанное на терроре правление на ближайшие семь лет. Должно быть, объявленный вне закона, отлученный от церкви и признанный врагом государства Иоанн Кантакузин был близок к отчаянию. Само его имя использовалось как символ эксплуатации бедных богатыми, хотя он всю свою жизнь боролся именно с такими злоупотреблениями.