Иоанн V быстро принял решение. Он не мог навязать унию своим подданным или византийской церкви, но мог лично подчиниться Риму и одновременно организовать обсуждение между Павлом и православными священниками. Как и следовало ожидать, патриарх Филофей отказался иметь дело с претендентом на его титул, однако он не возражал, когда Иоанн V назначил своего тестя монаха Иоасафа (бывшего императора Иоанна VI), игравшего все более важную роль в государственных делах, представлять православную церковь вместо Филофея. Иоанн вновь объяснил позицию Византии: унию нельзя навязать сверху, и у императора нет власти над душами своих подданных. Разногласия можно уладить только через Вселенский собор, что, к несчастью, никогда не считалось приемлемым для Рима. Павел в конце концов согласился на собор, который должен был пройти в Константинополе через два года; сам он тем временем вернется на Запад вместе с Амадеем и представителями пастырского и монашеского православного священства, при условии, что сам император вскоре нанесет визит папе римскому.

Еще раньше в том же году папа Урбан V попытался перенести папский престол обратно в Рим. Попытка оказалась неудачной, и вскоре он вернулся в Авиньон; однако византийская делегация отправилась тем летом именно в Италию, где Урбан V встретил их в Витербо. Оттуда они вместе с ним отправились в Рим, но вскоре стало ясно, что он не намерен созывать собор: из 23 писем, которые он подписал 6 ноября и в которых подчеркивалась важность подчинения Византии и обещанного визита императора в Рим, ни в одном не упоминалась возможность такого собрания.

Но Иоанн V сдержал обещание. Вновь оставив старшего сына и коронованного соправителя в качестве регента, в начале лета 1369 года он отправился в путь в сопровождении свиты, в которую входили несколько церковных иерархов, относившихся к этой затее с большим неодобрением. 18 октября в Риме он официально подписал свое подчинение Римской церкви и ее главе – папе римскому и поставил на нем свою императорскую печать, а в следующее воскресенье поклонился верховному понтифику на ступенях собора Св. Петра. Этот поступок остался личным, не вовлекающим других людей актом, и публичное самоуничижение Иоанна V привело лишь к опасному ослаблению его положения в Константинополе.

За некоторое время до этих событий император получил письмо от венецианского дожа Андреа Контарини, в котором тот напоминал ему о драгоценностях византийской короны, заложенных императрицей Анной в 1343 году за 30 000 дукатов; проценты за этот залог быстро росли, так что, возможно, он захочет посетить Венецию по пути домой? Иоанн V прибыл туда в начале мая. При обычных обстоятельствах первый визит византийского императора в Венецию отпраздновали бы с таким размахом, на который не было способно ни одно другое государство; однако венецианцы относились к бедности без уважения. Атмосфера немного разрядилась, лишь когда император предложил венецианцам остров Тенедос у входа в Дарданеллы в обмен на обещание вернуть драгоценности, экипировать 6 военных кораблей и выплатить 25 000 дукатов, 4000 из которых император желал получить сразу, смущенно признавшись, что у него недостаточно денег, чтобы вернуться домой.