После того как в XII в. открылись плотины классического образования, во многих городах возникли сплоченные группы студентов, требовавших для себя таких же организационных привилегий, какие получили ученые Болоньи. С 1096 г. магистры начали принимать учеников в маленьком английском поселении Оксфорд. В Париже примерно с 1150 г. группа студентов и преподавателей отделилась от школы собора Нотр-Дам и основала собственное учебное заведение, которое через полвека получило статус университета. Судьбы этих двух прославленных учреждений (сегодняшний Оксфордский университет и 11 отдельных университетов Парижа, которые в совокупности неофициально называют Сорбонной) с самого начала тесно переплетались. Оксфорд извлек огромную выгоду из англо-французских политических противоречий в правление английского короля Генриха II Плантагенета и французского короля Людовика VII Молодого из династии Капетингов: в 1167 г., в период крайнего ухудшения межгосударственных отношений, Генрих приказал всем английским ученым оставить учебу в Париже, после чего многие из них пересекли Ла-Манш, поднялись вверх по долине Темзы и поселились в Оксфорде, что способствовало его бурному академическому развитию.

Кроме этих существовало еще множество учебных заведений. В 1130-х гг. появился университет в Саламанке, красивейшем соборном городе на берегу реки Тормес в королевстве Кастилия и Леон. В начале XIII в. недовольные студенты и преподаватели из Болоньи переехали на 120 км к северу и основали новое учебное заведение в Падуе. Примерно в это же время, в 1209 г., беспорядки в Оксфорде заставили группу испуганных ученых бежать через всю Англию на восток в более безопасное место на краю болотистой Восточной Англии, где они стали первыми магистрами Кембриджского университета. В Южной Италии специалисты по анатомии и медицине собрались в Салернском университете, который стал ведущей медицинской школой Европы. В 1290 г. португальский поэт-король Диниш I одарил своим благословением университет в Коимбре. Множество других университетов возникло в Италии, на Пиренейском полуострове, во Франции и Англии. В XIV в. университеты появились и в более отдаленных землях: ирландские студенты могли посещать университет в Дублине, чешские – в Праге, польские – в Кракове, венгерские – в Пече, албанские – в Дурресе, а немецкие – в Гейдельберге или Кельне. Как правило, эти разнообразные и разбросанные по всему свету учебные заведения носили название Studium Generale, и в них преподавали свободные науки, а также одно или несколько направлений теологии, право и медицину. С самого начала университеты связывал дух международного сотрудничества: студенты и магистры свободно перемещались между ними, при этом степень и преподавательская квалификация, полученные в одном из них, считались действительными во всех других. Они подчинялись собственным дисциплинарным кодексам, существующим отдельно от обычных законов. Группы ученых в длинных мантиях, напоминавших одежду священников, стали обычным явлением в многочисленных университетских городках Запада. Для ученых настало благоприятное время. Чтобы представить, какие возможности университет мог дать в то время одаренному молодому человеку, пожалуй, лучше всего взглянуть на жизненный путь одного из самых известных ученых Средневековья – Фомы Аквинского.