Идя только в дневное время и сделав лишь две высадки на берег, Флиндерс в течение десяти дней исследовал восточное побережье в районе между островом Буди и входом в залив. Восемь дней стояла ясная погода при умеренном ветре. В последние два дня, 12 и 13 ноября, ветер оставался умеренным, но небо заволокли облака. Однако не ощущалось никаких признаков муссона, о котором Флиндерса предупреждали еще в Англии.

В соответствии с инструкциями, полученными от Адмиралтейства, Флиндерс изучал побережье залива прежде всего с целью обнаружения пролива, разделяющего Новую Голландию на две части. Поэтому он искал там устья рек или бухты. Но найти их Флиндерсу не удавалось. Между тем на восточном побережье залива Карпентария немало рек, впадающих в него. Одна из них впоследствии была названа именем Флиндерса. Исследователь сделал правильный вывод, используя неправильные доказательства: в районе залива Карпентария Новая Голландия не может делиться на две части, поскольку не обнаружено никаких рек и бухт.

Состояние корабля беспокоило Флиндерса еще до входа в Торресов пролив: судно давало опасную течь. Поэтому, выбрав удобное место у острова Свир, Флиндерс 24 ноября распорядился приступить к обследованию состояния и ремонту «Исследователя». Новый владелец корабля Джон Эйкен и корабельный плотник Рассел Мэрт через два дня передали Флиндерсу письменный отчет о результатах обследования, заканчивавшийся следующими выводами: «Во-первых, поскольку уровень воды в трюме повышался на 10 дюймов в час, а сейчас и того больше, маловероятно, что две помпы обеспечат откачку воды, поэтому мы думаем, что при сильной волне корабль едва ли избежит затопления. — Во-вторых, совершенно очевидно, что в случае, если судно будет выброшено на берег, оно немедленно разлетится на куски… в-четвертых, мистер Эйкен знает несколько судов такого же типа, как «Исследователь», построенных в том же самом месте, что и наше судно. Когда они начинают гнить, то этот процесс идет очень быстро… Состояние судна сейчас таково, что едва ли можно рассчитывать найти на нем через двенадцать месяцев хотя бы одну ценную доску. Но если судно будет находиться в условиях прекрасной погоды, то оно продержится на воде в течение шести месяцев».

Заключение было убийственным. Прошло лишь 16 месяцев с начала плавания, рассчитанного на четыре года. Сделано было еще очень мало. Основные работы были впереди. Перед Флиндерсом встала дилемма: продолжать плавание, идя на большой риск, или I вернуться в Порт-Джексон. «Отложив в сторону решение двух больших вопросов: наше спасение и завершение плавания сейчас же, — писал Флиндерс в своем дневнике, — я решил продолжать изучение этого залива, если северо-западный муссон не окажется слишком сильной помехой, и после этого действовать в зависимости от обстоятельств».