1 декабря ремонт «Исследователя» был закончен, и Флиндерс приказал возобновить плавание. Через два дня корабль встал на якорь у острова Бентик. 14 декабря Флиндерс достиг мыса Вандерлин. Проведя там рождество, он пошел дальше на север. Начавшийся северо-западный муссон заставил Флиндерса держаться подальше от берега.

Дальнейшее плавание вдоль западного побережья залива Карпентария шло относительно спокойно. Были лишь два неприятных случая. 3 января 1803 г. утонул матрос Уильям Муррей, а 21 января был убит аборигенами другой член экипажа — Уильям Уайтвуд.

3 февраля «Исследователь» подошел к заливу Каледон. В течение недели шло исследование его берегов, а затем Флиндерс возобновил плавание. Он очень спешил. Прошло 12 недель после того, как Эйкен и Мэрт вынесли свой приговор «Исследователю». Судну оставалось жить только три месяца.

13 февраля Флиндерс был в бухте, которую он назвал Мелвилл в честь первого лорда Адмиралтейства виконта Мелвилла. Три дня ушло на ее изучение.

16 февраля «Исследователь» пошел дальше в западном направлении.

Флиндерс был совершенно уверен, что «Исследователь» — единственное судно в этих местах. Поэтому он был чрезвычайно удивлен, заметив скопление судов у южных берегов островов, названных им островами Английской компании (в честь британской Ост-Индской компании). Флиндерс насчитал шесть кораблей, стоявших на якоре как раз там, где он сам намеревался бросить якорь. Флиндерс приказал поднять британский флаг. В ответ на кораблях были подняты белые флаги. Флиндерс послал своего брата в сопровождения вооруженных матросов узнать, кому принадлежат суда. Он думал, что наткнулся на пиратское логово. Но возвратившийся Самюэл сказал, что это малайцы под командой некоего Побассо, что их корабли — часть флота в 60 судов, принадлежавших одному из раджей острова Целебес. Они занимаются ловлей трепангов, которых продают китайцам.

Через переводчика Флиндерс узнал, что Побассо впервые побывал в этих местах 26 лет тому назад и после этого был здесь шесть или семь раз. На Флиндерса произвело большое впечатление навигационное искусство Побассо, который совершал столь сложные плавания без каких-либо карт, с помощью лишь карманного компаса. Флиндерс был также удивлен неприхотливостью малайцев. «Они имели месячный запас воды, находившейся в бамбуковых трубках; их еду составлял рис, кокосовые орехи и рыба и небольшое количество кур для вождей», — записал Флиндерс в своем дневнике.

Видя, что малайцы не проявляют никакой враждебности, Флиндерс пригласил Побассо и капитанов малайских судов на «Исследователь». Малайцы рассказали Флиндерсу, что намереваются идти дальше на восток в залив Карпентария для ловли трепангов. Они уверяли, что обычно привозят около 375 тонн трепангов. На вопрос Флиндерса, не видели ли они рек, впадавших в море с континента к западу от залива Карпентария, малайцы ответили отрицательно.