Правда, в 1894 году генерал Обручев попытался изменить ситуацию, представив Ванновскому проект реорганизации Главного штаба. Его суть состояла в том, чтобы превратить Главный штаб в орган «высшего стратегического порядка», а его начальника сделать одновременно товарищем (помощником) военного министра с правом доклада непосредственно Императору.

Предлагалась вменяемая структура штаба: отделы генерал-квартирмейстера, дежурного генерала, военно-топографический и по передвижению войск (т.е. точно такая структура, как в штабах пограничных военных округов), причём начальники этих отделов должны быть приравнены к начальникам главных управлений Военного министерства. Таким образом, в лице генерал-квартирмейстера появился бы человек, непосредственно руководящий всей стратегической частью и службой Генерального Штаба.

Увы, Ванновский счёл подобные «прожекты» подкопом под себя и возвеличиванием фигуры Обручева. Доклад был надёжно спрятан в пыльный шкаф, где и дождался прихода Пузыревского в кресло военного министра.

И вот теперь военный министр представлял переработанный проект Обручева, призывая членов Комитета Государственной Обороны поддержать его предложения. Министра финансов, разумеется, интересовало лишь одно, сколько будет стоить предлагаемая реформа. Генералитет же интересовало совсем иное, а именно – порядок подчинённости.

Если Пузыревский однозначно выступал за то, чтобы военный министр полностью сосредоточил в своих руках руководство армией, имея начальника Главного штаба своим первым помощником, то командующий войсками Туркестанского округа генерал Куропаткин²⁹⁴ выступил с предложением обратиться к германскому опыту и создать Генеральный Штаб, независимый от Военного министерства. Хотя командующие войсками военных округов были приглашены лишь для высказывания своего мнения и права голоса в Комитете не имели, выступление Куропаткина было воспринято с большим вниманием.

Любитель длинных речей, говоривший всегда спокойно и свободно, с большим апломбом, Куропаткин умел произвести впечатление сильного человека, знающего своё дело. Не лишённый известного литературного дара, озарённый лучами скобелевской славы, он воспринимался многими слушателями, как естественный наследник скобелевского умения руководить людьми и бросать их в бой на смерть или победу.

И вот теперь Куропаткин предлагал коренным образом изменить всю систему военного управления. Военное министерство виделось ему лишь учреждением, обслуживающим хозяйственные потребности армии, а начальник выделенного в самостоятельную единицу Генерального Штаба – фактическим главным начальником всем сухопутных сил. Военный министр таким образом превращался в номинальную фигуру, обеспечивающую войска мундирами, боеприпасами, денежным довольствием, казармами и лазаретами.