Опытный канцлер оказался прав. В мае 1762 года Петру III пришлось срочно создавать очередной координационный орган — Императорский совет с правом принимать без его участия решения по делам «меньшей важности». В состав совета вошли Д. В. Волков, Георг Людвиг Голштинский и Пётр Гольштейн-Бекский, возвращенный из ссылки Б. X. Миних, М. Н. Волконский, бывшие члены Конференции Н. Ю. Трубецкой и М. И. Воронцов, А. Н. Вильбуа, новый любимец императора А. П. Мельгунов, но зато не попали гетман К. Г. Разумовский, сенатор и отец фаворитки Р. И. Воронцов и генерал-прокурор Глебов. Можно предположить, что отстранение этих лиц стало одной из причин, приведших их на сторону Екатерины.

Перетасовка кадров и непродуманные решения усилили нестабильность в правящем кругу и, что важнее, не привели к созданию единого «штаба» в условиях начавшихся реформ. Им не стали ни Сенат, ни Кабинет, ни распущенная Конференция, ни даже Императорский совет, мнение членов которого Пётр III не всегда принимал во внимание.

Ключевые должности в центральном аппарате управления и губерниях сохраняли назначенные при Елизавете лица. Скромные перемены на статской службе Пётр компенсировал чинопроизводством военных: весной 1762 года появились семь новых генерал-аншефов, 23 генерал-лейтенанта и 62 генерал-майора — больше, чем за всё предыдущее царствование. Пристрастие к военным приводило к тому, что генералами становились придворные (Нарышкины, Дараганы) или назначенный начальником Канцелярии от строений И. И. Бецкой. Можно полагать, что массовым пожалованием император стремился обеспечить себе опору в армии перед планировавшейся войной с Данией. В один день (30 апреля) были отправлены в отставку руководители Адмиралтейств-коллегии генерал-адмирал М. М. Голицын, адмиралы 3. Мишуков и А. Головин, генерал-кригскомиссар Б. В. Голицын и контр-адмирал Д. Я. Лаптев. Адмиралом стал В. Льюис, вице-адмиралом — С. Ф. Мещерский, контр-адмиралом — А. И. Нагаев; контр-адмирал В. И. Ларионов был назначен генерал-кригскомиссаром. Главным по морскому ведомству Пётр III сделал произведённого им в вице-адмиралы С. И. Мордвинова, несмотря на наличие старших по званию.

Император торопился: обживал свои новые дворцы, награждал приближённых, мечтал преобразовать армию и флот, изменить всю систему внешней политики. Датский посланник сразу почувствовал, как изменилась атмосфера двора: «Всё пришло в движение, и во всём проявляется деятельность изумительная». Но царь не был способен реально контролировать ни своих генералов, ни министров, ни даже фаворитку: придворные имели удовольствие наблюдать «кухонные» сцены, когда ревнивая Воронцова называла российского императора «гадким мужиком», а тот в ответ требовал вернуть подаренные бриллианты. Любовница Петра была очень похожа на него самого — такая же непосредственная, но добрая и прямодушная. Она во всех отношениях уступала супруге императора — но подходила ему. Не случайно Пётр говорил молоденькой Екатерине Дашковой, своей крёстной и подруге жены: «Дочь моя, помните, что благоразумнее и безопаснее иметь дело с такими простаками, как мы, чем с великими умами, которые, выжав весь сок из лимона, выбрасывают его вон».