Манифест о ликвидации Тайной канцелярии на самом деле предписывал только не принимать свидетельств от «колодников» и не арестовывать оговорённых без «письменных доказательств», но не отменял дел «по первым двум пунктам», о которых по-прежнему полагалось «со всяким благочинием» доносить «в ближайшее судебное место, или к воинскому командиру», или (в «резиденции») доверенным лицам императора Волкову и Мельгунову.

Объявленная секуляризация вообще не имела механизма реализации: только 21 марта 1762 года новый указ предписал создать при Сенате Коллегию экономии и отправить офицеров для описания церковных и монастырских вотчин, а инструкция им была готова лишь к середине апреля; сенатский указ поступил к монастырским властям только к лету. В итоге до самого свержения Петра III реформа так и не началась.

Составленная уже при Екатерине II сенатская ведомость об исполненных и неисполненных письменных и словесных указах её предшественника показала, что «неучинёнными» оказались не только секуляризационная реформа, но и указ о понижении пробы серебряных монет, и снижение цены на соль, и отмена каторги в Рогервике, и распоряжения о полицмейстерах, о «произвождении в секретари из приказных чинов» и другие повеления императора.

Некоторые из его распоряжений тут же приходилось корректировать. Так, указ о свободе торговли хлебом вызвал протест лифляндского губернатора Ю. Ю. Броуна в связи с неурожаем на подвластной ему территории, а Сенат представил подробный доклад, где указывал на невозможность свободного вывоза хлеба из Сибири. Другие царские инициативы тормозились сенаторами, которые предполагали эти акты «предложить впредь к рассуждению», тем более что многие важные указы, в том числе о «вольности» дворянства, издавались без их участия. В мае сенаторы осмелились прямо возражать государю: указывали на невозможность немедленного изыскания огромных сумм на войну и ошибочность запрещения покупки меди для монетных дворов в то время, когда намечался массовый выпуск медных денег. В ответ царь запретил Сенату выступать с толкованием законов.

Архиереи издавали повеления во исполнение императорских указов, а затем саботировали их. Распоряжение о закрытии домовых церквей вызвало протест даже ближайших к Петру лиц. В результате храмы были оставлены в домах Н. Ю. Трубецкого, М. И. Воронцова и «генеральши Мельгуновой», что могло, пожалуй, только дискредитировать царя и его любимцев. Пётр посылал в Синод упрёки в неправосудии и «долговременной волоките» и повелевал: «Нашим императорским словом чрез сие объявляю, что малейшее нарушение истины накажется как злейшее государственное преступление, а сей указ не токмо для всенароднаго известия напечатать, но в Синоде и к настольным указам присовокупить»³¹.