Дошел этот вопрос до сведения Столыпина и Совета министров только уже в начале 1909 года, по возобновлении в Государственном совете занятий после Рождественского перерыва, когда принятый Думой законопроект поступил на рассмотрение финансовой комиссии Совета. В первом же заседании последней представители правой группы, через посредство лидера группы П. Н. Дурново, который в качестве бывшего в его молодые годы морского офицера относился с особым вниманием к делам морского ведомства и считал себя специалистом по ним, заявили, что постановление Государственной думы незаконно, так как оно нарушает прерогативы верховной власти, присваивая Думе право утверждения властью законодательной палаты организационной меры по управлению флотом, тогда как в силу статьи 96 это принадлежит исключительно верховной власти. Правота была, несомненно, с точки зрения закона, на стороне сделанного заявления, и возражать против него по существу не было никаких оснований.
Большинство финансовой комиссии встало, однако, на точку зрения взаимных отношений двух палат, протекавших в эту пору чрезвычайно согласно, и стало искать какого-либо компромисса, который устранил бы конфликт между Советом и Думой. Его оказалось, однако, невозможным найти. Напрасно старался морской министр склонить Думу, в порядке частных переговоров, пойти на соглашение и видоизменить текст ее постановления, ограничившись лишь ассигнованием кредита. Она отказалась наотрез от всякого компромисса, так как большинство членов в обеих комиссиях – бюджетной и государственной обороны – отвергло предложенное соглашение, не скрывши того, что оно не сочувствует и самой ст<атье> 96 Основных законов как стесняющей права Государственной думы. Было очевидно, что и в общем собрании Думы сложится такое же отрицательное большинство.
После длинных и мучительных переговоров, в которых самое деятельное участие принадлежало лично морскому министру, сознававшему, что вина в недосмотре лежит всецело на его ведомстве, комиссия Государственного совета остановилась на компромиссе иного свойства. По большинству голосов против представителей правой фракции она склонилась к тому, чтобы утвердить заключение Думы, но привести в мотивах мысль о недопустимости в будущем таких нарушений закона, приведя тому подробное основание, и рекомендовало Морскому министерству ближе держаться в своих представлениях текста статьи Основных законов.
Столыпин был, без сомнения, на стороне такого решения финансовой комиссии Совета, хотя в заседании ее не присутствовал. Лично я ни в одном из заседаний комиссии не был и вообще никакого участия в переговорах между Думой и Советом не принимал.