Внезапно фокус внимания смещается на Коити, отца Соскэ, до тех пор практически не участвовавшего в сюжете, за исключением сцены, где он не может вернуться домой из-за работы, чем вызывает у Рисы истерику. Как и Фудзимото, Коити связан с морем – он капитан корабля «Коганэимару», вероятно, рыболовецкого траулера, хотя мы не видим, чтобы экипаж что-то ловил. Вместо этого в ловушку пойман сам корабль – над ним возвышается цунами, вызванное чарами Поньо. Растерянный экипаж вдруг видит впереди незнакомый освещенный берег. Они задаются вопросом, не достигли ли они каким-то образом Америки, и хотят направиться к берегу, но внезапно у них останавливается двигатель. Моряки понимают, что перед ними не береговая линия, а огромная стена воды, поддерживающая огромное скопление кораблей, стоящих друг на друге, – «кладбище кораблей», как говорит один член экипажа. Играет волнующая музыка, а мы рассматриваем «кладбище» под огромной искаженной луной, угрожающе парящей над застрявшими кораблями.

В этот ужасный момент происходит чудо. Приближается огромная цветная волна и превращается в фигуру лежащей на спине гигантской красивой женщины, которая проплывает мимо корабля и каким-то образом запускает двигатели. Фигура продолжает двигаться по воде, по-видимому, запуская и другие корабли, а затем поднимается к луне, оставляя за собой в темном небе разноцветный след. Вскоре мы узнаем, что эта красивая женщина – мать Поньо, богиня моря по имени Гранмамарэ, которая направляется к Фудзимото. Изображение богини – переосмысленная Миядзаки «Офелия» Милле, но члены экипажа обращаются к фигуре не западной. Они благодарят Каннонсаму, бодхисаттву-спасительницу из традиционного буддизма.

Эта впечатляющая сцена завораживает и тревожит сразу на многих уровнях. В ней показан по-настоящему апокалиптический сценарий – скопление «мертвых» кораблей и надвигающееся крушение «Коганэимару» под искаженной и тревожной луной. Более того, это конец света, с точки зрения напуганных взрослых мужчин. Еще более удивительно для фильма Миядзаки то, что катастрофа разрешилась сама собой, не по воле человека, а благодаря божественному вмешательству бодхисаттвы.

Эта сцена предполагает новообретенную пассивность персонажей Миядзаки и необычную для них опору на традиционную религию. Кроме того, она отчетливо указывает на крах патриархальной власти, уже обозначенный восстанием Поньо против отца. К этому моменту Поньо уже превзошла отца в магических способностях и пренебрегла его властью. Миядзаки добавляет еще одну сцену, в которой мы видим, как множество рыбок – сестричек Поньо кусают мостик Фудзимото, когда он стоит на волнах, напоминающих рыб, из-за чего комично падает в океан, который служил ему опорой. Поэтому не только Поньо, но и ее крошечные сестрички, не говоря уже о внушающей благоговение матери-богине, показывают, что основную динамику в этом фильме создает именно женская сила. На суше потрясающую женскую силу, контрастирующую с мужским бессилием, демонстрируют Риса и три старушки.