Дети садятся в игрушечную лодку, которую Поньо увеличила с помощью волшебства, и познания Соскэ в механике помогает ему привести судно в движение. Они вместе плывут по затопленному миру. Дети видят в воде десятки огромных доисторических рыб девонского периода. Но морской пейзаж этому периоду не соответствует. Лодка скользит по воде прямо над обломками цивилизации двадцать первого века, над домами, дорогами, телеграфными столбами и даже покачивающимися пришвартованными лодками, в сцене столь же изысканной, сколь и сверхъестественной. У Соскэ и Поньо путешествие вызывает лишь искреннюю радость – на поверхности воды сверкает солнце, маленькая лодка плывет вперед, и они оба с наслаждением угадывают названия причудливых морских существ, проплывающих мимо.

В этом радостном детском видении конца света мир ясен и чист, хотя и (или, возможно, потому что) лишен человечества. Единственная тень в этой картине – исчезновение обоих родителей Соскэ: Риса ночью умчалась в дом престарелых спасать пожилых дам. Храбрая и упрямая Риса, похоже, считает нормальным оставить пятилетнего Соскэ одного и этим усиливает представление Миядзаки о детской стойкости, но в то же время создает потенциально трагическую ситуацию.

Соскэ спокойно решает отправиться на поиски матери. Дети отправились спасать Рису, взяв с собой термос супа и любимые бутерброды Поньо с ветчиной. Это путешествие, занимающее большую часть второй половины фильма, переносит их в мир, где праздник, радость и искупление противостоят разрушению, горю и отсылкам к смерти.

Вскоре после того, как Соскэ и Поньо отчаливают, они неожиданно встречают еще одну лодку с маленькой семьей – матерью, отцом и младенцем, – которая по непонятным причинам дрейфует на воде за пределами города. Однако ни один из родителей не особенно обеспокоен этими странными обстоятельствами. Спокойствие еще сильнее подчеркивает красивое старомодное платье на женщине, как будто она собирается на какую-нибудь довоенную вечеринку в саду. В этой сцене Миядзаки, похоже, оживляет недавнюю историю Японии и даже, возможно, свое детство: это платье легко могло прийти из тех времен, когда его собственная мать была молода и красива.

Сцена обретает еще большую странность, когда Поньо и Соскэ обсуждают с родителями малыша его потребность в грудном молоке (в английском переводе это звучит не дословно), в итоге отдают им свой суп и бутерброды (без ветчины) и только потом отправляются дальше. Единственная темная нотка в этой причудливой светлой встрече – поразительно неприятный младенец, который ноет, плачет, а потом и вовсе воет. В удивительном проявлении материнского инстинкта юной Поньо удается успокоить малыша.