Сонная Поньо берет на себя ответственность взрослого, хватает Соскэ за руку и говорит: «Давай поищем Рису». Тут путь им преграждает древний темный туннель. Соскэ чувствует, что уже его видел, но Поньо он очень не по душе, и ее приходится тащить туда силком. К тому времени, как дети выходят из туннеля, Поньо снова превращается – сначала в птицеподобное существо, а затем в рыбу.

Прогулка по туннелю перекликается с проходом Тихиро и ее родителей через туннель между человеческим и сверхъестественным мирами в «Унесенных призраками». Однако здесь туннель, похоже, не разделяет человеческое и магическое. Скорее, если взять за основу интерпретацию Сугиты, он служит проходом в землю мертвых. Эта версия подтверждается, когда на другой стороне туннеля мы находим не только Рису, но и жителей дома престарелых, удобно устроившихся в белом здании, очевидно, расположенном под поверхностью моря. Пустые инвалидные кресла старушек у воды вызывают чувство меланхолического отсутствия, но мы видим, что им чудесным образом удалось вернуть себе утраченное здоровье молодости, и они гоняются друг за другом по своему новому саду под водой.

Снова подтверждая идею о том, что это место, куда они попали после смерти, одна старушка спрашивает: «Это загробный мир?» [ано ё] – а другая восклицает: «Я думала, это замок морского дракона!» Это отсылка к легенде об Урасиме Таро, более драматической японской версии «Рип ван Винкля», в которой благодарная черепаха отвозит спасшего ей жизнь рыбака Урасиму в замок морского дракона, где он счастливо живет, пока не решает вернуться домой. Однако, вернувшись в свою деревню, Урасима обнаруживает, что прошло уже триста лет, и вскоре после этого умирает.

В магической временной структуре «Поньо» приходят и уходят миллионы лет. Девонское море вернулось и накрыло землю, а сама Поньо дважды эволюционировала и снова регрессировала. Эта катастрофическая ситуация кажется почти неразрешимой.

Как и в случае с угрозой кораблекрушения «Коганэимару», Миядзаки снова прибегает к сверхъестественному и снова к матери Поньо Гранмамарэ, на этот раз через разговор с Рисой. В счастливой концовке фильма две матери при поддержке довольно взволнованного Фудзимото решают, что, если Соскэ согласится принять Поньо во всех ее проявлениях – как рыбку, наполовину рыбку или человека, – то «баланс в природе восстановится». Затем Гранмамарэ спрашивает Соскэ, готов ли он любить Поньо такой, и он убеждает ее, что готов. Потом Гранмамарэ спрашивает Поньо, готова ли она отказаться от своих магических способностей, чтобы стать человеком, и она охотно соглашается.