Бенеш внимательно следил за событиями в Словакии и ходом восстания, инструктируя по мере необходимости своих военных и политических сторонников в его руководстве. Он был благодарен советскому правительству и командованию Красной Армии за «быструю организацию помощи чехословацким патриотам, поднявшимся в Словакии против немцев»[861]. Вместе с тем Бенеш весьма негативно и с возмущением воспринял сведения о меморандуме словацкого военного министра Ф. Чатлоша, предложившего Москве свой план вывода Словакии из войны[862], и слухи о возможных переговорах с ним советского руководства[863]. Советский посол В. З. Лебедев, который 5 сентября 1944 г. был приглашен Бенешем на обед, решительно опроверг эти измышления и предложил президенту подумать о возможности возвращения на родину через Москву одновременно с освобождением чехословацкой территории Красной Армией и чехословацкими частями[864]. Еще 3 августа президент подписал конституционный декрет о временном управлении освобожденной территорией Чехословацкой республики. В конце августа чехословацкая правительственная делегация во главе с Ф. Немецем прибыла в Москву, ожидая подходящего момента для переезда на освобожденную повстанцами территорию, куда прибыла 7 октября. Хотя Словацкий национальный совет (СНС) высказался за восстановление Чехословакии, его отношение к Бенешу и правительственной делегации не было однозначно положительным. По прибытии делегации в Словакию сразу обнаружились сложности в ее отношениях с СНС, который еще в начале восстания объявил о том, что «берет на себя «всю законодательную и исполнительную власть на территории Словакии», и подозревал лондонское правительство в намерениях навязать словакам посредством делегации свою волю. Выполнить возложенные на нее задачи делегации по существу не удалось. СНС согласился видеть в правительственном делегате лишь представителя лондонского правительства, с которым намеревался сотрудничать[865]. За годы существования самостоятельного, хотя и номинально, государства словаки окончательно ощутили себя сложившейся нацией не только в этническом, но и в политическом смысле. Возросли их самосознание и уверенность в том, что словацкий народ может сам распоряжаться своей судьбой, не ожидая указаний извне, в том числе и с чешской стороны. Для прояснения вопроса о взаимоотношениях чехов и словаков после войны в Лондон направилась делегация СНС.

Бенеш являлся последовательным сторонником государственного союза чехов и словаков. «Остаться со словаками под одной крышей, – писал он своим сторонникам на родине в августе 1939 г. – категорическое требование политически и экономически сильной Чехословакии. Невзирая на то, что произошло, нужно для этого готовить почву, это требуется и в плане международном»[866]. Вместе с тем президент был последовательным сторонником идеи единой чехословацкой нации и не намеревался отказываться от своих убеждений. Еще в декабре 1943 г., встречаясь с представителями Заграничного бюро КПЧ в Москве, Бенеш говорил: «Вы никогда не убедите меня в том, чтобы я признал словацкую нацию. Это – моя научная точка зрения, которую я не могу изменить… Я считаю, что словаки – это чехи и что словацкий язык является только одним из наречий чешского языка. Я никому не запрещаю называть себя словаком, но не допущу, чтобы провозглашали существование словацкого народа»[867].