После завершения переговоров в Лондоне словацкая делегация не смогла вернуться в Словакию: восстание было подавлено, повстанцы отошли в горы, деятельность СНС предполагалось возобновить уже на территории, освобождаемой частями Красной Армии. Деятельность правительственной делегации в это время была перенесена на территорию Подкарпатской Руси, где по инициативе коммунистов и при поддержке советских военных властей развернулось движение за присоединение этой области к СССР (УССР). Взаимоотношения Ф. Немеца с советским военным командованием приняли напряженный характер. Чехословацкая правительственная делегация, фактически оказавшаяся в изоляции, не могла выполнить возложенных на нее задач. Советско-чехословацкое соглашение от 8 мая 1944 г. в создавшейся ситуации практически оказалось бездейственным, так как каждая сторона толковала его в своих интересах. Бенеш выяснял отношения с Москвой, но, несмотря на свое возмущение происходящим, считал ненужным их обострение. Ф. Немец, будучи не в силах справиться с ситуацией, рекомендовал президенту и правительству переехать на освобождаемую Красной Армией территорию ЧСР. И Бенеш склонялся к положительному решению этого вопроса, тем более что советские войска осенью 1944 г. уже вступили в пределы Словакии.

Считая, что «наши важнейшие дела решаются сегодня в Москве, а вовсе не в Лондоне», Бенеш обрадовался советскому предложению перенести деятельность чехословацкого правительства поближе к освобождаемой территории Словакии или даже на эту территорию. Он надеялся, что это поможет более быстрому улаживанию возможных конфликтов с советскими властями. 30 декабря 1944 г. президент просил Фирлингера передать советскому правительству, что переезд чехословацкого правительства на освобожденную территорию является «единственным решением, которое поможет окончательно разрешить наши теперешние политические и военные трудности». Далее Бенеш просил Ф. Немеца подготовить условия на освобожденной территории для переезда туда правительства[871]. По всей видимости, Бенеш ясно осознавал, что в сложившейся ситуации «дружественное» по отношению к СССР правительство Чехословакии, скорее всего, наподобие «люблинского комитета» в Польше, может возникнуть при всех обстоятельствах, независимо от желания или нежелания кого бы то ни было на Западе. И он, как опытный политик, предпочел, опираясь на советско-чехословацкий договор 1943 г., взять инициативу в свои руки. В конце войны Бенеш, вероятно, еще более утвердился в мысли, высказанной им в беседе с генералом В. Сикорским в начале 1942 г., о том, что «надо договориться с Советами, чтобы прийти в Прагу и Берлин вместе с Красной Армией» и что «надо пойти на уступки СССР, так как они все равно возьмут то, что им нужно, силой. И тогда будет хуже»[872]. Поэтому Бенеш был решительно настроен войти в Прагу вместе с Красной Армией.