Другим важным вопросом, который будоражил как чешское, так и словацкое общество после освобождения, был вопрос о выселении из страны немцев и венгров, содействовавших в 1938–1939 гг. распаду Чехословакии. Среди партий НФ существовало единство мнений на этот счет: выселение следует провести, чтобы в будущем не возникала угроза существованию ЧСР. Бенеш и эмигрантское правительство поддержали идею выселения из ЧСР немецкого и венгерского населения. Было ясно, что без поддержки союзников по антигитлеровской коалиции такую акцию реализовать не удастся. Так вопрос приобрел международный характер. Англичане и американцы сначала в принципе не возражали против выселения, но в конце войны, ознакомившись поближе с конкретными чехословацкими предложениями, стали проявлять известную осторожность, ссылаясь на неготовность западного общественного мнения к такому решению вопроса и опасаясь чрезмерного укрепления советского влияния в Чехословакии. Советский Союз с самого начала поддержал выселение немцев и в принципе, и в его конкретных способах. В конце концов, Запад согласился на выселение немцев из Польши, Чехословакии и Венгрии, что было зафиксировано в решениях Берлинской (Потсдамской) конференции в июле-августе 1945 г.
В Кошицкой программе говорилось о немедленном выселении из Чехословакии немцев и венгров, которые обосновались в стране после 1938 г., и о лишении гражданства тех из них, которые активно содействовали распаду ЧСР и не боролись за ее восстановление. И хотя пока никаких законодательных актов принято не было, это оказалось достаточным, чтобы запустить «механизм выселения» немцев и венгров. На местах программа была воспринята как «руководство к действию»: началась «расправа» над немецким и венгерским населением. Местные власти, используя антинемецкие и антивенгерские настроения чешского и словацкого населения, стремились «под шумок», пока вопрос не решен окончательно союзниками, избавиться от как можно большей части немецкого и венгерского населения. Осознав возможность англо-американского отказа от идеи выселения, центральные органы власти, думается, не препятствовали (а может, не имели для этого сил и средств) «дикому» выселению. Во всяком случае, Бенеш во время встречи с делегацией СНС 1 июня 1945 г. на вопрос о том, как он смотрит на выселение венгров, ответил: «Вам в Словакии надо было бы решить венгерскую проблему побыстрее. Возможно, это приведет к осложнениям, но и в случае их возникновения, делайте это, делайте осторожно, но сделайте это. Мы здесь это как-нибудь защитим (то есть оправдаем, объясним. –