Немалым был военно-хозяйственный материальный ущерб, причинённый деятельностью Пеньковского: пришлось закрывать установочные позиции стратегических ракет, раскрытых американской разведке, и создавать новые.

В целом Даллес мог быть удовлетворён. За небольшой срок работы на ЦРУ Пеньковский передал несколько тысяч секретных документов, данные о более чем 600 советских разведчиках, работавших за рубежами СССР, сведения о позициях межконтинентальных ракет, данные о военных научных разработках. В ЦРУ сочли весьма важной информацию Пеньковского о том, что на Кубе размещены советские ракеты среднего радиуса действия. Правда, к тому моменту, когда поступили эти сведения, США уже располагали информацией о советской ракетной базе на острове, но были сомнения касательно характера этих ракет — стратегические или среднего радиуса. Впрочем, в последнем случае Даллес явно преувеличивал значение информации — имея в виду близость Кубы от восточного побережья США, существенной разницы в том, каков был характер ракет, не было — ракеты средней дальности с ядерными зарядами были в состоянии полностью разрушить всё восточное побережье США с его мегаполисами от Вашингтона до Нью-Йорка и Бостона.

Британский историк спецслужб Кристофер Эндрю и советский дипломат и одновременно шпион западных разведок Олег Гордиевский, сумевший бежать на Запад и также ставший историком советских разведслужб, считают Пеньковского крупнейшим агентом, работавшим в СССР одновременно на ЦРУ и МИ-6⁴⁷⁷.

И всё же в деле Пеньковского сохраняются неясности. Главная из них — причины, по которым это вроде бы совершенно секретное дело (тем более в Советском Союзе, где секретность возводилась в некую гражданскую доблесть) было предано весьма широкой гласности, материалы о котором публиковались в прессе, был устроен частично открытый процесс (он был лишь частично открытым, так как некоторые заседания проводились в закрытом режиме), опубликована стенограмма. Некоторые авторы полагают, что это дело было использовано противниками Хрущёва, готовившими его устранение, а Серов, покровительствовавший Пеньковскому, являлся одним из ближайших сторонников советского лидера. Такого мнения придерживается, например, отставной работник советской разведки Анатолий Максимов, опирающийся на найденные в тайнике, замурованном в стену, дневники Серова (их подлинность ставится под сомнение авторитетными историками)⁴⁷⁸.

По поводу частичной публикации дневников, осуществлённой упомянутым Хинштейном с грубейшими нарушениями всех принципов и правил научной археографии, разгорелся такой спор, что его пришлось решать даже в суде, который в двух инстанциях отклонил иск Хинштейна об оскорблении историком Борисом Соколовым и радиостанцией «Эхо Москвы» чести и достоинства покойного Серова⁴⁷⁹.