Синод был непреклонен и вынес свой вердикт. 7 апреля Арсения признали виновным и приговорили к лишению всех духовных званий, епархии и к изгнанию в отдаленный монастырь на Белом море. Ему не позволено было пользоваться пером и чернилами, кроме того, три раза в неделю он должен был выполнять тяжелую работу: носить воду, колоть дрова и чистить подвалы. В Кремле была устроена публичная церемония, на которой его лишили всех званий. Арсения, появившегося в длинных, ниспадающих до земли одеждах, подвергли унизительной процедуре: всю его церковную одежду снимали с него одну за другой. Даже во время этого наказания он отказался сохранять молчание, выкрикивал оскорбления в адрес других священников и предсказывал, что их постигнет жестокая смерть. Четыре года спустя, заключенный на Крайнем Севере, он все еще называл Екатерину еретичкой и разрушительницей церкви и по-прежнему оспаривал ее право на трон. Императрица лишила его всех религиозных званий и приказала перевести в изолированную темницу в подвале Ревельской крепости на Балтике. Здесь его яростный голос, наконец, умолк: до самой его смерти в 1772 году стражники, которые не говорили по-русски, знали его под именем Андрея Лжеца.
Екатерина установила главенство государства над церковью. Через месяц после заточения Арсения она появилась перед Синодом и объяснила свои причины:
«Отчего происходит, что вы равнодушно взираете на бесчисленные богатства, которыми обладаете и которые дают вам способы жить в преизбыточестве благ земных? Ведь царство апостолов было не от мира сего <…> Как же вы, не терзаясь совестью, дерзаете обладать бесчисленными богатствами, а владения ваши беспредельны, и они делают вас равными с царями в могуществе. У вас очень много подвластных <…> Вы не можете не видеть, что все ваши имения похищены у народа <…> Если вы повинуетесь законам совести, то не умедлите возвратить государству все то, чем вы неправильно обладаете».
«Отчего происходит, что вы равнодушно взираете на бесчисленные богатства, которыми обладаете и которые дают вам способы жить в преизбыточестве благ земных? Ведь царство апостолов было не от мира сего <…> Как же вы, не терзаясь совестью, дерзаете обладать бесчисленными богатствами, а владения ваши беспредельны, и они делают вас равными с царями в могуществе. У вас очень много подвластных <…> Вы не можете не видеть, что все ваши имения похищены у народа <…> Если вы повинуетесь законам совести, то не умедлите возвратить государству все то, чем вы неправильно обладаете».
Второго Арсения, который бы поднялся против нее, больше не нашлось.