В начале 1763 года Екатерина решила совершить паломничество из Москвы в Ростов, чтобы поклониться мощам Дмитрия Ростовского, известного как святой Дмитрий Чудотворец, он был предшественником Арсения и недавно канонизирован. Кости должны были поместить в серебряный гроб в присутствии императрицы, после чего Арсений планировал поговорить с ней. Но когда подошло время паломничества, Екатерина отложила свой визит.

Когда объявили о том, что императрица приедет позднее, Арсений взял инициативу в свои руки. 6 марта 1763 года он направил в Святейший Синод письмо, в котором жестко критиковал политику секуляризации, уничтожавшую, по его заявлению, и церковь, и государство. Он напомнил Синоду, что по восшествии на престол Екатерина обещала защитить Православную церковь. Он выступал против утверждения, что церковь должна отвечать за образование в сфере философии, теологии, математики и астрономии: ее единственным христианским долгом, провозглашал он, было нести слово Божие. Епископы не должны отвечать за строительство школ, это – долг государства. Он отметил, что, если церковь подвергнут секуляризации, епископы и священники больше уже не будут пастырями, а превратятся в «наемных слуг, ответственных за каждую корку хлеба». Он довольно жестко отзывался о своих коллегах-духовниках из Святейшего Синода, которые в этой кризисной ситуации «как псы немые, не лая смотрят».

Он выступил перед духовниками Ростова и проклял тех, кто усомнился в церковных правах на земли и крепостных; эти люди являлись «врагами церкви… тянущими руки к тому, что было освящено Богом. Они хотели присвоить богатства, отданные церкви детьми божьими и благочестивыми монархами».

Арсений просчитался. Он недооценил силу Екатерины и то, что другие властные фигуры в российском государстве объединятся против него. Высшее дворянство было глубоко мирским по духу: местные землевладельцы хотели иметь больше доступа к землям и работникам, которыми владела церковь; правительственные чиновники, пытавшиеся преодолеть финансовые трудности, согласились с Екатериной: имущество и доходы церкви нужно использовать в мирских целях.

Когда Екатерина прочитала петицию Арсения Синоду, она поняла, все эти обвинения были направлены непосредственно против нее. Описывая аргументы митрополита, как «извращенные и провокационные искажения», она настаивала на том, чтобы «лжец и лицемер» был наказан в назидание другим. Приказав Синоду действовать, она подписала указ, предававший Арсения суду. 17 марта провинившийся священник был арестован и под стражей привезен из Ростова в монастырь в Москве для допросов. В течение ряда ночных заседаний члены Синода допрашивали своего коллегу. Екатерина, присутствовавшая на допросах, слушала, как Арсений оспаривал ее право на трон, а также спрашивал о смерти Петра III. «Наша нынешняя правительница не родилась на этой земле и не крепка в своей вере! – восклицал архиепископ. – Она не должна занимать трон, который необходимо отдать Ивану Антоновичу (Ивану VI)». Императрица зажала уши и закричала: «Заткните ему рот!»